Лист за преговор: Mécanismes de la traduction et régulation

📋 Plan du Cours

1. Organisation de l’ARNm et cadres de lecture
2. ARNt : structure feuille de trèfle et boucles
3. Effet wobble et appariement codon anticodon
4. Synthèse des ARNt et ajout post-transcriptionnel CCA
5. Ribosome : sites A P E et centre peptidyl-transférase
6. Initiation procaryote Shine-Dalgarno et ARNt initiateur
7. Élongation procaryote : sélection ARNt et liaison peptidique
8. Translocation et facteurs EF-Tu EF-G
9. Terminaison procaryote par facteurs de libération RF
10. Antibiotiques et mimétisme moléculaire
11. Régulation traductionnelle procaryote par biais codonique
12. Initiation eucaryote : coiffe dépendante et leaky scanning

📖 1. Organisation de l’ARNm et cadres de lecture

🔑 Notions clés & Définitions

• ARNm polycistronique : ARNm polycistronique : chez les procaryotes, il porte plusieurs séquences codantes distinctes pour des protéines différentes.
• ARNm monocistronique : ARNm monocistronique : chez les eucaryotes, il contient une seule séquence codante (CDS) pour un polypeptide.
• Coiffe 5’ : Coiffe 5’ : structure ajoutée à l’extrémité 5’ de l’ARNm qui participe à son transfert vers le cytosol.
• UTR : UTR : régions de l’ARNm non traduites qui servent de zones de régulation de la traduction.
• Codon start AUG : Codon start AUG : codon de démarrage de la traduction, utilisé pour initier la lecture de la séquence codante.

📝 Points essentiels

• La traduction lit l’ARNm dans le sens 5’→3’ en suivant les codons successifs.
• Les codons stop sont UAA, UAG et UGA, ce qui termine la traduction de la CDS.
• La CDS correspond à la seule partie réellement traduite de l’ARNm, sans nécessité d’aller jusqu’à l’extrémité 3’.
• Une CDS commence et se termine à des sites internes de l’ARNm, délimitant la portion traduite.
• L’ORF (cadre ouvert de lecture) est une suite de codons comprise entre deux codons stop.
• Il existe 3 cadres de lecture possibles sur le brin considéré : +1, +2, +3 (et 3 cadres sur l’autre brin : -1, -2, -3).

💡 Astuce mémo

5’→3’ : AUG pour démarrer, stop (UAA/UAG/UGA) pour couper, ORF = entre deux stops.

📖 2. ARNt : structure feuille de trèfle et boucles

🔑 Notions clés & Définitions

• Feuille de trèfle ARNt : L’ARNt est une molécule en forme de « feuille de trèfle » qui porte des régions spécialisées pour reconnaître le codon et fixer l’acide aminé.
• Boucle anticodon : La boucle anticodon contient la séquence qui s’apparie au codon de l’ARNm pendant la traduction.
• Bras accepteur CCA : Le bras accepteur se termine par la séquence CCA, site chimique où l’acide aminé est attaché à l’ARNt.
• Effet Wobble : L’effet Wobble décrit la tolérance de l’appariement codon–anticodon, surtout à la 3e position du codon, permettant la reconnaissance de codons synonymes.
• Appariement antiparallèle : L’appariement codon/anticodon se fait de façon antiparallèle, ce qui impose une orientation précise des bases entre ARNm et ARNt.

📝 Points essentiels

• Le bras accepteur (CCA) sert d’ancrage à l’acide aminé via une liaison covalente.
• L’appariement codon/anticodon est antiparallèle et implique une interaction base à base entre les deux brins.
• L’effet Wobble permet à certains ARNt de reconnaître plusieurs codons synonymes en tolérant un appariement plus faible à la 3e position du codon si les deux autres sont forts.
• La tolérance concerne un appariement faible sur la 3e position, tant que les positions 1 et 2 du codon restent correctement appariées.
• La reconnaissance ARNt–ribosome dépend de l’interaction ARNm–ribosome qui place le codon pour l’appariement avec l’anticodon.

💡 Astuce mémo

Wobble = « 3e position flexible » : positions 1-2 solides, position 3 tolère.

📖 3. Effet wobble et appariement codon anticodon

🔑 Notions clés & Définitions

• Effet wobble : Phénomène où la 3e base du codon s’apparie avec plusieurs bases de la 1re du anticodon, ce qui réduit la contrainte d’appariement strict.
• Appariement codon anticodon : Interaction spécifique entre le codon de l’ARNm et l’anticodon de l’ARNt qui permet de sélectionner le bon ARNt au bon endroit du ribosome.
• Centre de décodage : Zone du ribosome où l’appariement codon anticodon est contrôlé pour assurer la lecture correcte des codons de l’ARNm.
• Centre peptidyl-transférase : Zone du ribosome qui catalyse la formation de la liaison peptidique pendant l’élongation.

📝 Points essentiels

• Le ribosome possède un centre de décodage et un centre peptidyl-transférase, tous deux constitués d’ARN.
• Les ARNt s’alignent sur trois sites de liaison nommés A, P et E, tandis que l’ARNm est maintenu dans un tunnel.
• Le site A et le site P sont très proches, ce qui force deux ARNt à s’apparier avec des codons adjacents.
• Le site A fixe l’ARNt chargé (portant l’acide aminé), le site P fixe l’ARNt portant la chaîne peptidique, et le site E libère l’ARNt après transfert.
• L’intervalle entre le centre peptidyl-transférase (grande sous-unité) et le centre de décodage (petite sous-unité) correspond à la zone occupée par les ARNt pendant l’élongation.
• Le mécanisme d’élongation implique l’entrée d’un ARNt chargé au site A, puis le déplacement du ribosome et le transfert chimique de la chaîne du site P vers le site A via la peptidyl-transférase.

💡 Astuce mémo

Décodage = A/P/E (choix ARNt) ; Peptidyl-transférase = liaison peptidique (construction chaîne).

📖 4. Synthèse des ARNt et ajout post-transcriptionnel CCA

🔑 Notions clés & Définitions

• ARNt initiateur procaryote : ARNt initiateur procaryote portant N-formyl méthionine, utilisé pour démarrer la traduction au niveau du site P du ribosome.
• N-formyl méthionyl ARNt : ARNt initiateur dont le groupement formyl augmente l’efficacité de l’initiation et permet la mise en place correcte du premier acide aminé.
• IF1 IF2 IF3 : Trois facteurs d’initiation procaryotes qui contrôlent l’accès des sites A, E et P et la formation progressive du complexe d’initiation 70S.
• Peptidyl transférase : Activité catalytique du ribosome (via l’ARN 23S) qui réalise la transpeptidation entre deux ARNt pendant l’élongation.
• EF-Tu et EF-G : Facteurs d’élongation procaryotes : EF-Tu assure la sélection/fidélité de l’ARNt-AA, tandis qu’EF-G pilote la translocation.

📝 Points essentiels

• Les ARNt sont synthétisés puis régulés par des structures tiges-boucles, ce qui influence leur disponibilité relative.
• L’ARNt initiateur procaryote se lie au site P partiel de la petite sous-unité et porte N-formyl méthionine.
• Il existe 3 codons d’initiation : ils ne codent pas tous une méthionine en général, mais dans le contexte START ils deviennent codants pour une MET.
• Des modifications enzymatiques interviennent pendant la synthèse/procédure de maturation de l’ARNt initiateur (déforméthylase et éventuellement aminopeptidase).
• L’initiation procaryote commence par l’interaction de la petite sous-unité avec l’ARNm, ce qui positionne le 1er AA au site P.
• L’arrivée de IF3 sur le site E de la petite sous-unité empêche l’association prématurée des deux sous-unités ribosomales 30S et 50S.

💡 Astuce mémo

IF3 bloque E, IF1+IF2+GTP préparent A/P, puis GTP→GDP libère IF1/IF2 : A et E se libèrent pour former le 70S d’initiation.

📖 5. Ribosome : sites A P E et centre peptidyl-transférase

🔑 Notions clés & Définitions

• Site A : Le site A est l’emplacement du ribosome où entre l’ARNt porteur du nouvel acide aminé pendant l’élongation.
• Site P : Le site P est l’emplacement du ribosome où se trouve l’ARNt portant la chaîne peptidique en cours de synthèse.
• Site E : Le site E est l’emplacement du ribosome où l’ARNt déchargé quitte le ribosome après la translocation.
• Centre peptidyl-transférase : Le centre peptidyl-transférase est l’activité catalytique du ribosome qui forme la liaison peptidique à partir de l’ARN 23S.
• Facteurs de terminaison : Les facteurs de terminaison sont des protéines qui reconnaissent les codons stop et déclenchent la libération du polypeptide du peptidyl-ARNt.

📝 Points essentiels

• L’addition d’un acide aminé au site A nécessite EF-Tu : EF-Tu/GTP forme un complexe ternaire avec l’ARNt-AA puis libère EF-Tu après hydrolyse en GDP.
• La formation de la liaison peptidique est catalysée par l’activité peptidyl-transférase portée par l’ARN 23S.
• La translocation nécessite EF-G : l’hydrolyse du GTP modifie la conformation d’EF-G pour permettre son action sur la petite sous-unité et stimuler le déplacement.
• Pendant la translocation, l’ARNt du site P va vers le site E, l’ARNt du site A va vers le site P, et l’ARNm avance de 3 nucléotides pour exposer le codon suivant.
• La terminaison ne dépend pas d’un ARNt : il n’existe pas d’ARNt correspondant aux codons stop UAA, UAG et UGA.
• Les codons stop sont reconnus par des releasing factors (RF) qui activent la séparation du polypeptide du peptidyl-ARNt au site P.

💡 Astuce mémo

A-P-E = Arrivée (A), Peptide (P), Éjection (E) ; EF-Tu charge, EF-G déplace ; stop = RF libère.

📖 6. Initiation procaryote Shine-Dalgarno et ARNt initiateur

🔑 Notions clés & Définitions

• Séquence Shine-Dalgarno : Séquence d’ARNm bactérien qui sert de repère pour l’initiation en facilitant l’alignement de l’ARNm sur le ribosome.
• Site de liaison RBS : Zone de l’ARNm reconnue par le ribosome pour démarrer la traduction, dont l’accessibilité conditionne l’initiation.
• ARNt initiateur : ARNt chargé qui participe au démarrage de la traduction en s’insérant au bon emplacement du ribosome lors de l’initiation.
• Biais codonique : Phénomène où des codons synonymes ne sont pas utilisés à fréquence égale, ce qui modifie la disponibilité des ARNt et la vitesse de traduction.
• Auto-répression traductionnelle : Régulation où une protéine nouvellement produite se lie à son propre ARNm près du RBS pour freiner la traduction.

📝 Points essentiels

• La traduction bactérienne peut être inhibée par des protéines ou ARN qui se fixent près du RBS et empêchent la fixation du ribosome sur le site d’initiation.
• La puromycine est un exemple de mimétisme moléculaire : elle ressemble à un ARNt, entre dans le site A et provoque l’arrêt de la synthèse en se liant covalemment à la chaîne peptidique.
• Les antibiotiques peuvent cibler la petite (30S) ou la grande (50S) sous-unité du ribosome bactérien et bloquer différentes étapes de la traduction.
• Le biais codonique dépend de l’espèce et est lié à l’abondance des ARNt : une CDS contenant des codons rares est traduite plus lentement.
• Les gènes les plus exprimés tendent à contenir moins de codons rares, car une traduction rapide est nécessaire.
• Auto-répression : une protéine nouvellement synthétisée peut se lier à son propre ARNm au niveau de la région RBS et inhiber l’initiation.

💡 Astuce mémo

Shine-Dalgarno = “balise” du RBS ; si un ARNt “faux” (puromycine) entre, la chaîne s’arrête.

📖 7. Élongation procaryote : sélection ARNt et liaison peptidique

🔑 Notions clés & Définitions

• Séquence SD : Séquence de l’ARNm reconnue par le ribosome chez les procaryotes, dont l’accès peut être masqué par des réarrangements de l’ARN.
• ARN antisens : ARN bactérien complémentaire d’un ARNm, capable de se fixer spécifiquement et de bloquer l’accès à la région de liaison du ribosome.
• ARNm polycistronique : ARNm contenant plusieurs ORF, où l’inhibition de la traduction peut dépendre de la traduction d’autres gènes de l’opéron.
• Contexte Kozak : Motifs autour du codon AUG qui favorisent la reconnaissance du site d’initiation par le complexe de traduction.
• Complexe 43S : Complexe d’initiation eucaryote formé par la petite sous-unité 40S et des facteurs, chargé de repérer le codon start par scanning.

📝 Points essentiels

• Chez les procaryotes, des réarrangements de structure de l’ARN peuvent séquestrer la séquence SD et empêcher la fixation du ribosome.
• Les ARN antisens contrôlent l’expression de protéines de stockage de Fe en se fixant à des ARNm spécifiques et en bloquant l’accès à la RBS.
• Sur un ARNm polycistronique, l’inhibition est modulée par la traduction d’autres gènes de l’opéron, car l’accessibilité du RBS change au cours du processus.
• Quand le RBS devient accessible, la traduction enchaîne ORF1 puis ORF2, et la structure secondaire formée empêche ensuite la fixation du ribosome.
• Chez les eucaryotes, l’initiation est décrite en 4 étapes avec une phase limitante plus complexe que chez les procaryotes.
• Contexte Kozak : codon AUG précédé d’une séquence riche en G/C, purine en -3 et guanine en +4, ce qui favorise la reconnaissance du site d’initiation.

💡 Astuce mémo

SD masquée = ribosome bloqué ; antisens = verrou sur la RBS ; Kozak = G/C avant + G après AUG.

📖 8. Translocation et facteurs EF-Tu EF-G

🔑 Notions clés & Définitions

• Translocation : Mécanisme d’élongation qui déplace le peptidyl-ARNt d’un site ribosomal vers le suivant, tout en libérant l’ARNt au site de sortie.
• EF1 (procaryote EF-Tu) : Facteur d’élongation lié au GTP qui vérifie l’appariement codon–anticodon avant de positionner l’ARNt chargé au site A.
• EF2 (procaryote EF-G) : Facteur d’élongation lié au GTP qui déclenche le déplacement du ribosome de 3 nucléotides après le transfert de la chaîne peptidique.
• eRF1 : Facteur de terminaison qui reconnaît le codon STOP et déclenche la séparation du polypeptide du peptidyl-ARNt au site P.
• eRF3 : Facteur de terminaison qui stimule la dissociation du facteur de classe I après relargage de la chaîne, avec contrôle par liaison/hydrolyse du GTP.

📝 Points essentiels

• Le début de l’élongation correspond à un ribosome assemblé avec l’ARNt initiateur chargé au site P.
• Le premier AA-ARNt est chargé au site A par appariement anticodon–codon.
• La liaison peptidique se forme entre l’AA-ARNt au site A et la chaîne portée par le peptidyl-ARNt au site P, avec transfert de la chaîne du site P vers le site A.
• La translocation déplace le peptidyl-ARNt du site A vers le site P et libère l’ARNt déchargé au site E.
• EF1 lié au GTP garantit l’exactitude : si l’appariement est correct, EF1 positionne l’ARNt au site A, hydrolyse le GTP puis se libère.
• Si l’appariement est mauvais, EF1 ne se fixe pas à son site sur la grande sous-unité et n’hydrolyse pas le GTP, donc l’ARNt n’est pas positionné au site A.

💡 Astuce mémo

EF1 = Exactitude (si bon appariement → GTP hydrolysé → positionne). EF2 = Avance (GTP → déplacement de 3 nt).

📖 9. Terminaison procaryote par facteurs de libération RF

🔑 Notions clés & Définitions

• Facteurs de libération RF : Facteurs de libération : protéines qui reconnaissent les codons stop et déclenchent la libération de la chaîne polypeptidique du ribosome.
• Protéasome : Protéasome : complexe protéolytique qui coupe les liaisons peptidiques des protéines marquées pour leur dégradation.
• Chaperonnes HSP : Chaperonnes HSP : protéines de choc thermique qui se lient aux protéines mal repliées ou en cours de repliement pour éviter l’agrégation.
• Hsp70 : Hsp70 : chaperonne qui se fixe sur des segments hydrophobes d’environ 7 acides aminés exposés avant la sortie du ribosome.
• Hsp60 : Hsp60 : chaperonne qui agit après synthèse complète en formant une chambre d’isolement pour favoriser un repliement correct.

📝 Points essentiels

• Les chaperonnes HSP limitent les erreurs de repliement et réduisent l’agrégation des protéines mal repliées.
• Hsp70 se fixe sur un segment d’environ 7 AA hydrophobes exposé avant que la protéine ne quitte le ribosome, ce qui correspond à une action co-traductionnelle.
• Hsp60 intervient quand la protéine est entièrement synthétisée et adopte une structure de grande taille de type « barils/tonneau ».
• Hsp60 forme une « chambre d’isolement » qui maintient les protéines mal repliées à l’écart pour permettre un repliement correct.
• Si la protéine reste mal repliée, elle est marquée par des ubiquitines puis reconnue par le protéasome pour une dégradation par coupure des liaisons peptidiques.
• Comparaison : Hsp70 agit avant la sortie du ribosome sur ~7 AA hydrophobes (co-traductionnel) tandis que Hsp60 agit après synthèse complète en isolant la protéine dans une chambre (anti-agrégation).

💡 Astuce mémo

Hsp70 = « 7 AA avant sortie » ; Hsp60 = « chambre après synthèse » ; puis ubiquitine → protéasome.

📖 10. Antibiotiques et mimétisme moléculaire

🔑 Notions clés & Définitions

• Régulation traductionnelle : Mécanisme qui ajuste la quantité de protéines produites en contrôlant l’étape de traduction plutôt que la transcription.
• Biais de codon : Phénomène où certains codons sont utilisés plus souvent que d’autres, ce qui modifie la vitesse de traduction selon l’abondance des ARNt correspondants.
• miARN : Petit ARN non codant eucaryote anti-sens qui se fixe sur des ARNm et réduit leur traduction et/ou augmente leur dégradation.
• eIF2α phosphorylée : Forme activée de eIF2α lors de stress qui bloque l’initiation de la traduction en empêchant la formation du complexe d’initiation actif.
• 4E-BP : Protéine eucaryote qui se lie à eIF4E et empêche l’assemblage du complexe d’initiation au niveau de la coiffe.

📝 Points essentiels

• En eucaryotes, certains ARNm codant des protéines critiques peuvent conserver une traduction malgré une inhibition globale de la synthèse protéique.
• Le biais de codon ralentit la traduction quand l’ORF contient des codons rares, car les ARNt correspondants sont moins abondants.
• La régulation post-transcriptionnelle eucaryote peut agir via des protéines se fixant sur la coiffe 5’ ou sur l’extrémité 3’ UTR pour perturber la structure en boucle de l’ARNm.
• En stress, l’initiation est freinée par inhibition de la reconnaissance de l’ARNt initiateur par la petite sous-unité 40S et de la reconnaissance de l’ARNm par 40S.
• La kinase qui phosphoryle eIF2α déclenche un blocage de l’initiation en piégeant eIF2B dans un complexe inactif, ce qui empêche la conversion vers eIF2-GTP.
• La baisse de disponibilité en eIF4E réduit l’initiation : les 4E-BP concurrencent eIF4G et empêchent la fixation des facteurs d’initiation sur la coiffe via eIF4E.

💡 Astuce mémo

Stress → eIF2α-P bloque l’initiation ; manque d’eIF4E → 4E-BP verrouille la coiffe.

📖 11. Régulation traductionnelle procaryote par biais codonique

🔑 Notions clés & Définitions

• ARNm de la ferritine : L’ARNm de la ferritine porte une région régulatrice qui conditionne sa traduction selon la disponibilité en fer.
• IRP : Les IRP sont des protéines régulatrices qui se lient à une séquence spécifique de l’ARNm quand le fer est absent.
• IRE : L’IRE est une séquence en épingle à cheveux située près de l’extrémité 5’ de l’ARNm, reconnue par les IRP.
• liaison codonique 5’ : La régulation dépend de l’accessibilité de l’extrémité 5’ de l’ARNm, contrôlée par la fixation ou non des IRP sur l’IRE.
• mécanismes de surveillance des ARNm : Ce sont des systèmes qui contrôlent la qualité et la durée de vie des ARNm en modulant leur stabilité et leur dégradation.

📝 Points essentiels

• Quand les IRP sont libres (non liées au fer), elles se fixent sur la séquence IRE et empêchent la traduction par encombrement au niveau 5’.
• Quand il y a du fer, les IRP liées au fer ne se fixent plus sur l’IRE, ce qui libère l’extrémité 5’ et permet la production de ferritine.
• La stabilité d’un ARNm détermine le temps disponible pour la traduction et donc la quantité de protéines produites.
• La stabilité résulte d’un équilibre entre le taux de synthèse et le taux de dégradation de l’ARNm.
• La dégradation des ARNm sert à réduire les ARNm en excès et à éliminer les ARNm de mauvaise qualité pour éviter des effets toxiques.
• La demi-vie est une propriété propre à chaque ARNm, et la RT-PCR permet de quantifier la quantité d’ARNm.

💡 Astuce mémo

Fer libre = IRP collées sur IRE = 5’ bouchée → moins de ferritine ; Fer présent = IRP décollées → 5’ libre → ferritine.

📖 12. Initiation eucaryote : coiffe dépendante et leaky scanning

🔑 Notions clés & Définitions

• Coiffe dépendante : Mécanisme d’initiation eucaryote où la traduction démarre à partir de l’extrémité 5’ portant la coiffe, ce qui favorise la reconnaissance du premier site d’initiation accessible.
• Leaky scanning : Mode d’initiation où le ribosome peut ignorer un AUG trop peu favorable et continuer sa progression sur l’ARNm avant de démarrer plus loin.
• ARNm non traduits : ARNm qui ne sont pas engagés correctement dans la traduction et qui peuvent être éliminés par des voies de surveillance couplées à la qualité.
• Complexe RISC : Complexe protéique qui charge un petit ARN régulateur et le guide vers l’ARNm cible pour moduler l’expression du gène.
• miRNA : Petit ARN endogène capable de moduler l’expression des gènes, issu d’un précurseur en tige-boucle puis maturé en duplex.

📝 Points essentiels

• La surveillance des ARNm se fait en deux étapes : identification puis dégradation.
• Deux grandes localisations de surveillance existent : noyau (post-transcriptionnel) et cytoplasme (co-traductionnel).
• Dans le noyau, la dégradation implique l’exosome nucléaire et le complexe TRAMP qui reconnaît des ARNm polyA spécifiques.
• Dans le cytosol, le NMD cible les ARNm avec codon stop prématuré (PTC) en reconnaissant des EJC restants via UPF.
• Dans le cytosol, la NSD élimine les ARNm sans codon stop et la NGD dégrade les ARNm où les ribosomes sont bloqués (pause forte due à structures ou codons rares).
• Les éléments déstabilisateurs (DEs) augmentent la dégradation tandis que les éléments stabilisateurs (SEs) la diminuent.

💡 Astuce mémo

Coiffe = “premier feu vert”, leaky scanning = “si l’AUG n’accroche pas, le ribosome glisse et démarre plus loin”.

📊 Tableaux de synthèse

Procaryotes vs eucaryotes : ARNm et initiation/terminaison

Aspect	Procaryotes	Eucaryotes
ARNm	ARNm polycistronique (plusieurs séquences codantes)	ARNm monocistronique (une seule CDS)
Sens de lecture	Traduction 5’→3’	Traduction 5’→3’
Codon start/stop	Start AUG ; stop UAA/UAG/UGA	Start AUG ; stop UAA/UAG/UGA
Initiation	Shine-Dalgarno (RBS) + ARNt initiateur (N-formyl méthionine)	Coiffe 5’ + complexe 43S (scanning/leaky scanning)
Terminaison	RF reconnaissent stop et libèrent la chaîne (pas d’ARNt stop)	eRF1/eRF3 reconnaissent stop et libèrent la chaîne (pas d’ARNt stop)

⚠️ Pièges & confusions fréquents

1. Confondre CDS et ORF : la CDS est la portion traduite délimitée par sites internes, tandis que l’ORF est une suite entre deux codons stop.
2. Croire que la traduction doit aller jusqu’à l’extrémité 3’ de l’ARNm : en réalité, elle s’arrête aux codons stop UAA/UAG/UGA.
3. Mélanger l’orientation d’appariement : codon/anticodon est antiparallèle, donc l’orientation des séquences compte pour reconnaître le bon ARNt.
4. Penser que l’effet wobble autorise n’importe quel appariement : la tolérance concerne surtout la 3e position du codon, tant que les positions 1 et 2 restent correctement appariées.
5. Inverser les rôles des sites A/P/E : le site A reçoit l’ARNt chargé, le site P porte la chaîne peptidique, et le site E libère l’ARNt après translocation.
6. Confondre EF-Tu/EF1 et EF-G/EF2 : EF-Tu/EF1 vérifie la sélection (fidélité) et EF-G/EF2 pilote la translocation de 3 nucléotides.
7. Croire que les codons stop sont reconnus par un ARNt : il n’existe pas d’ARNt correspondant aux stop ; ce sont des facteurs de libération (RF/eRF).

✅ Checklist Examen

1. Identifier les caractéristiques d’un ARNm polycistronique vs monocistronique et relier CDS/UTR à la régulation.
2. Décrire le sens de lecture 5’→3’, les codons start AUG et stop UAA/UAG/UGA, et distinguer CDS vs ORF.
3. Expliquer les 3 cadres de lecture possibles sur un brin (+1/+2/+3) et l’existence de 3 cadres sur l’autre brin (-1/-2/-3).
4. Décrire la structure de l’ARNt (feuille de trèfle), les boucles D/Ψ/anticodon et le bras accepteur CCA, ainsi que l’orientation antiparallèle codon/anticodon.
5. Expliquer l’effet wobble : tolérance d’un appariement faible à la 3e position du codon tout en gardant des positions 1-2 fortes.
6. Décrire le rôle des aminoacyl-ARNt synthétases : 2 étapes (adénylation puis transfert sur l’OH 3’), et les 2 phases de discrimination (spécificité puis poche d’édition).
7. Décrire la structure fonctionnelle du ribosome : sites A/P/E, tunnel ARNm, proximité A-P, et centres de décodage vs peptidyl-transférase (ARN 23S).
8. Pour l’initiation procaryote : rôle de Shine-Dalgarno/RBS, ARNt initiateur N-formyl méthionine au site P, et séquence d’action IF1/IF2/IF3 menant au complexe 70S.
9. Pour l’élongation procaryote : enchaîner sélection ARNt-AA par EF-Tu (EF1) puis formation de la liaison peptidique par peptidyl-transférase, puis translocation par EF-G (EF2) avec déplacement de 3 nucléotides.
10. Pour la terminaison procaryote : absence d’ARNt stop, reconnaissance des stop par RF (classe 1 puis classe 2 via RF3) et libération de la chaîne au site P.
11. Expliquer la régulation traductionnelle procaryote par biais codonique et par blocage près du RBS (protéines/ARN antisens, auto-répression), et relier puromycine au mimétisme ARNt.
12. Expliquer l’initiation eucaryote coiffe-dépendante (eIF4E/eIF4G/eIF4A, complexe 43S, scanning/leaky scanning, contexte Kozak) et la terminaison eucaryote (eRF1/eRF3).
13. Décrire les mécanismes de surveillance/dégradation des ARNm en cytosol et noyau (NMD/NSD/NGD, exosome/TRAMP) et relier éléments déstabilisateurs/stabilisateurs à la demi-vie.