Introduction à la génomique comparative

1. 📌 L'essentiel

• La génomique comparative consiste à comparer des séquences génom entre différentes espèces individus.
• Elle permet d’identifier homologies, variations et d’étudier l’évolution.
• Les principaux outils sont BLAST, MAFFT, RAxML.
• Concepts clés : orthologues, paralogues, SNP, CNV, zones de twilight.
• Applications majeures : médecine personnalisée, agriculture, biotechnologies.
• Milestones : premier génome viral (1977), génome humain (2001), comparaison avec chimpanzé (2005).
• La conservation des éléments (ex : CNS) indique des fonctions essentielles.
• La sélection naturelle se détecte via le rapport dN/dS.
• L’alignement global (Needleman-Wunsch) vs local (Smith-Waterman).
• La variabilité génomique est essentielle pour la diversité et l’adaptation.

2. 🧩 Structures & Composants clés

• Génome — ensemble complet de l’ADN d’un organisme.
• Homologie — relation évolutive entre séquences.
• SNP — variation ponctuelle d’un nucléotide.
• InDel — insertion ou délétion de nucléotides.
• CNV — variations du nombre de copies d’un segment.
• Alignement — méthode pour comparer deux ou plusieurs séquences.
• Éléments conservés — zones ultra-conservées, CNS, domaines fonctionnels.
• Outils — BLAST, MUMmer, MAFFT, Clustal, RAxML.
• Arbres phylogénétiques — représentation des relations évolutives.
• Signatures de sélection — dN/dS, indicateurs d’adaptation.