Hoja de repaso: Introduction à la biodiversité et évolution

📋 Plan du Cours

1. Objectif et échelles de la biodiversité
2. Méthode des quadrats et transects
3. Richesse spécifique et effet du piétinement
4. Diversité intraspécifique des phénotypes
5. Origine génétique des phénotypes par allèles
6. Concept biologique de l’espèce et limites
7. Diversité des niveaux génétiques et spécifiques
8. Évolution rapide sur îles de lézards
9. Variations de la biodiversité au cours du temps
10. Crises biologiques passées et crise actuelle

📖 1. Objectif et échelles de la biodiversité

🔑 Notions clés & Définitions

• Biodiversité : La biodiversité désigne la diversité du vivant, étudiée à différentes échelles (espèces, milieux, écosystèmes).
• Richesse spécifique : La richesse spécifique correspond au nombre d’espèces différentes distinguées dans un milieu ou un écosystème.
• Méthode des quadrats : La méthode des quadrats est un protocole de terrain qui recense les espèces présentes et estime leur quantité dans des zones délimitées.
• Transect : Un transect est une ligne d’échantillonnage qui traverse un milieu et permet de placer plusieurs quadrats le long d’un gradient.
• Écosystème : Un écosystème est un ensemble d’êtres vivants et de conditions qui interagissent, formant une unité de comparaison.

📝 Points essentiels

• L’objectif est d’identifier, quantifier et comparer la diversité du vivant à plusieurs échelles.
• La méthode des quadrats recense les espèces végétales présentes et estime la quantité d’individus pour chacune.
• Sur une pelouse urbaine, on peut utiliser un transect contenant plusieurs quadrats pour réaliser l’échantillonnage dans chaque zone.
• La richesse spécifique varie avec le piétinement : elle est plus faible quand la fréquentation est forte et plus élevée quand elle est faible.
• Le piétinement dépend de la distance au chemin de fréquentation : plus on s’en rapproche, plus il est fort.
• Deux mesures sont considérées significativement différentes si leurs barres d’incertitude ne se chevauchent pas.

💡 Astuce mémo

Quadrats = Quantifier les espèces dans des Carrés ; Transect = aligner les Carrés le long d’un Gradient (piétinement).

📖 2. Méthode des quadrats et transects

🔑 Notions clés & Définitions

• Quadrats : Méthode d’échantillonnage qui consiste à délimiter des surfaces fixes pour inventorier et compter les espèces présentes.
• Transects : Méthode d’échantillonnage qui consiste à parcourir une ligne (ou bande) pour relever la présence et l’abondance des espèces le long d’un gradient.
• Richesse spécifique : Nombre d’espèces observables dans un milieu donné, utilisé pour comparer la biodiversité entre sites.
• Piétinement : Action mécanique qui perturbe une pelouse et modifie la composition des espèces observées.
• Écosystème de parc : Ensemble local d’espèces et de conditions, où la combinaison des facteurs du site explique la biodiversité mesurée.

📝 Points essentiels

• La méthode des quadrats permet d’obtenir des données de présence et de dénombrement à partir de surfaces délimitées.
• La méthode des transects permet d’obtenir des données de présence et de dénombrement le long d’une trajectoire d’échantillonnage.
• La richesse spécifique moyenne se compare entre parcs pour expliquer les différences de biodiversité.
• Les parcs proches d’espaces boisés (Jardin des Deux Rives et Pourtalès) sont décrits comme ayant des conditions particulières différentes des parcs plus artificialisés.
• Le piétinement est traité comme un facteur explicatif : la pelouse fortement piétinée et la pelouse peu piétinée sont comparées avec le même raisonnement.
• La conclusion doit préciser à quelles échelles on peut observer la biodiversité (échelle du parc et/ou de l’habitat).

💡 Astuce mémo

Quadrats = “surfaces carrées” (compter par zone) ; Transects = “ligne” (compter le long d’un trajet) ; Richesse = “nombre d’espèces” ; Piétinement = “pression au sol” qui change la composition.

📖 3. Richesse spécifique et effet du piétinement

🔑 Notions clés & Définitions

• Richesse spécifique : La richesse spécifique correspond au nombre d’espèces présentes dans un milieu donné, indépendamment de leur abondance.
• Effet du piétinement : L’effet du piétinement désigne la modification de la composition des communautés par le passage répété des individus, qui peut réduire certaines espèces.
• Espèce : Une espèce regroupe des individus qui se ressemblent et peuvent se reproduire pour produire une descendance fertile.
• Concept morphologique : Le concept morphologique définit une espèce à partir de la ressemblance physique des individus.
• Concept biologique : Le concept biologique définit une espèce par la capacité d’interfécondité entre populations et par leur isolement reproductif vis-à-vis d’autres groupes.

📝 Points essentiels

• Le concept d’espèce sert de base à la classification du vivant pour distinguer des types d’êtres vivants.
• Le concept morphologique (XVIIIe siècle) classe les espèces selon la ressemblance physique des individus.
• Le concept biologique (renforcé en 1942 par Ernst Mayr) ajoute un critère de reproduction et d’isolement reproductif.
• Des croisements peuvent produire des hybrides mais ceux-ci peuvent être stériles, comme pour la mule issue d’un âne et d’une jument.
• Les observations récentes remettent en cause certains aspects du concept biologique, car la réalité des variations et des interactions est complexe.
• Le piétinement peut agir comme un facteur de perturbation qui change la richesse spécifique en favorisant certaines espèces et en en défavorisant d’autres.

💡 Astuce mémo

Piétinement = perturbation : moins d’espèces visibles → richesse spécifique ↓.

📖 4. Diversité intraspécifique des phénotypes

🔑 Notions clés & Définitions

• Diversité génétique : La diversité génétique correspond à la variabilité des génotypes au sein d’une même espèce, à l’origine de différences observables.
• Phénotype : Le phénotype est l’ensemble des caractéristiques observables d’un individu, issues de l’expression de son génotype.
• Allèle : Un allèle est une version d’un gène, qui diffère légèrement des autres versions et peut modifier un caractère.
• Espèce jumelle : Les espèces jumelles sont des espèces très proches morphologiquement, mais distinguées par des différences de reproduction ou de signaux.

📝 Points essentiels

• La diversité intraspécifique se lit à travers la variabilité des phénotypes au sein d’une population d’une même espèce.
• Les différences de phénotypes s’expliquent par des différences de génotypes, elles-mêmes liées à la présence de plusieurs allèles pour un même gène.
• Un gène peut exister sous plusieurs allèles, qui diffèrent par exemple par la taille ou la séquence.
• Les allèles produisent des versions différentes d’un même caractère, ce qui génère une diversité génétique au sein d’une espèce.
• Chez Photuris, des individus physiquement identiques ne peuvent pas se reproduire entre eux, et seuls les flashs permettent de les différencier.
• Le pizzly (ours polaire × grizzly) illustre un hybride fertile, ce qui remet en cause l’idée de barrière reproductive systématique entre espèces humaines.

💡 Astuce mémo

Phénotype = Génotype (allèles) ; puis test de l’espèce : reproduction (pizzly) et signaux (Photuris).

📖 5. Origine génétique des phénotypes par allèles

🔑 Notions clés & Définitions

• Allèle : Un allèle est une forme d’un même gène, différant par sa séquence ou sa taille, et pouvant produire des versions différentes d’un caractère.
• Gène : Un gène est une portion d’ADN constituée d’une séquence de nucléotides qui détermine un caractère.
• Génotype : Le génotype correspond à l’ensemble des allèles portés par un individu pour un ou plusieurs gènes.
• Phénotype : Le phénotype regroupe l’ensemble des caractères observables d’un être vivant, issus de l’expression de son génotype.
• Séquence : Une séquence est l’ordre des nucléotides dans une portion d’ADN, par exemple dans un gène.

📝 Points essentiels

• Un gène peut exister sous plusieurs formes appelées allèles, qui diffèrent par leur séquence ou leur taille.
• Les allèles sont à l’origine de versions différentes d’un même caractère au sein d’une espèce.
• La diversité génétique d’une population s’explique par la variabilité des génotypes entre individus.
• Les mutations peuvent contribuer à créer de nouveaux variants d’allèles, renforçant la diversité génétique.
• Exemple cité : l’ornementation des ailes de la coccinelle arlequin varie selon les versions d’un caractère liées aux allèles.
• Les groupes sanguins ABO sont déterminés par un gène possédant plusieurs allèles, justifiant l’existence de plusieurs phénotypes (A, B, AB, O).

💡 Astuce mémo

Allèles = variantes d’un même gène ; Génotype = combinaison ; Phénotype = ce qu’on voit.

📖 6. Concept biologique de l’espèce et limites

🔑 Notions clés & Définitions

• Espèce biologique : Notion d’espèce fondée sur la capacité des individus à se reproduire entre eux et à produire une descendance viable et fertile.
• Isolement reproductif : Mécanisme qui empêche le mélange des gènes entre populations, même si elles coexistent géographiquement.
• Spéciation rapide : Formation d’une nouvelle espèce en un temps court, quand des populations évoluent rapidement sous des pressions fortes.
• Compétition interspécifique : Interaction entre espèces différentes qui se disputent des ressources et peut conduire au remplacement d’une espèce par une autre.

📝 Points essentiels

• Le concept biologique d’espèce repose sur la reproduction entre individus d’une même espèce et sur la viabilité/fertilité de la descendance.
• L’isolement reproductif limite les échanges de gènes et constitue un critère central pour distinguer des espèces.
• L’expérience sur Pod Mrcaru montre qu’une population peut changer fortement en quelques générations après introduction sur une île.
• Les lézards introduits ont totalement remplacé l’espèce locale, ce qui illustre un effet de compétition interspécifique.
• Après 33 ans d’isolement, les chercheurs ont pu observer des changements de régime alimentaire et de morphologie chez les lézards introduits.
• Le cas illustre la limite pratique d’observer l’évolution en action sur le terrain, car le processus est difficile à suivre sans dispositif expérimental.

💡 Astuce mémo

Reproduction → descendance viable/fertile : si ça ne se fait plus, l’isolement reproductif sépare les espèces.

📖 7. Diversité des niveaux génétiques et spécifiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Diversité spécifique : Diversité des espèces présentes dans un milieu, qui peut varier au cours du temps géologique.
• Diversité génétique : Variabilité des caractères héréditaires au sein d’une population, qui peut changer avec l’évolution et les crises.
• Crise Crétacé-Paléocène : Crise majeure survenue il y a environ 65 millions d’années, associée à la disparition des dinosaures et à des changements de biodiversité.
• Microfossiles : Petits fossiles utilisés pour suivre quantitativement l’évolution de la biodiversité, notamment dans les océans.

📝 Points essentiels

• Chez les lézards, des populations d’introduction présentent des têtes plus grandes (longueur 16,3 mm vs 14,6 mm) et une force de fermeture de mâchoire plus élevée (11,25 N vs 9,85 N).
• Chez les lézards, la vitesse moyenne de course est plus faible sur l’île d’introduction (175,6 cm/s vs 184,9 cm/s).
• Des replis intestinaux appelés valves caecales forment des chambres de fermentation chez les lézards de l’île d’introduction.
• Les chambres de fermentation ralentissent le transit et favorisent la digestion des fibres végétales.
• Des nématodes symbiotiques vivent dans les chambres de fermentation et aident à digérer la paroi extracellulaire des végétaux.
• Les modifications morphologiques et comportementales décrites sont extrêmement rares chez les autres espèces de lézards, mais présentes chez tous les lézards de l’île d’introduction.

💡 Astuce mémo

Île d’introduction = tête plus grande + mâchoire plus forte, mais course plus lente ; intestin = chambres de fermentation + nématodes.

📖 8. Évolution rapide sur îles de lézards

🔑 Notions clés & Définitions

• Microfossiles : Fragments minuscules conservés dans les roches, utilisés pour reconstituer des environnements passés.
• Lavage de marnes : Technique de préparation où des marnes sont rincées au-dessus d’une colonne de tamis pour récupérer des microfossiles.
• Foraminifères planctoniques : Foraminifères vivant dans la colonne d’eau, dont les assemblages servent d’indicateurs biostratigraphiques.
• Globotruncanidés : Groupe de foraminifères planctoniques appartenant aux assemblages du Crétacé terminal.
• Hétérohélidicés : Groupe de foraminifères planctoniques présent dans les assemblages du Maastrichtien et du Danien.

📝 Points essentiels

• Le lavage de roches tendres comme les marnes est une méthode accessible pour extraire des microfossiles.
• Les foraminifères du Maastrichtien observés appartiennent surtout aux Globotruncanidés et aux Hétérohélidicés.
• Les foraminifères du Danien observés appartiennent surtout aux Globigérines et aux Hétérohélidicés.
• Les assemblages sont repérés à la loupe binoculaire puis confirmés au microscope.
• Les crises biologiques passées sont associées à des bouleversements rapides des conditions environnementales, ce qui limite l’adaptation des espèces.

💡 Astuce mémo

Lavage = Tamis : marnes → microfossiles ; Maastrichtien = Globotruncanidés + Hétérohélidicés ; Danien = Globigérines + Hétérohélidicés.

📖 9. Variations de la biodiversité au cours du temps

🔑 Notions clés & Définitions

• Biodiversité : La biodiversité désigne la diversité des êtres vivants, à la fois en nombre d’espèces et en variété des formes de vie.
• Temps géologiques : Les temps géologiques correspondent aux très longues périodes de l’histoire de la Terre, sur lesquelles la biodiversité change fortement.
• Crise biologique : Une crise biologique est un événement rapide à l’échelle des temps géologiques qui provoque des extinctions massives d’espèces.
• Anthropique : Anthropique signifie causé par l’action de l’être humain.
• Crise Crétacé-Paléocène : La crise Crétacé-Paléocène est une crise biologique passée ayant entraîné la disparition des dinosaures et la diversification des mammifères.

📝 Points essentiels

• La biodiversité évolue en permanence, y compris sur des durées courtes, avec des changements observables en quelques générations.
• Exemple de changement rapide : des lézards introduits sur une île croate ont modifié leur régime alimentaire et leur anatomie en environ 30 générations.
• Au cours des temps géologiques, la biodiversité du passé est très différente de celle d’aujourd’hui, car les groupes dominants changent.
• Exemple : au Crétacé, les dinosaures dominaient les environnements, puis ils ont totalement disparu aujourd’hui.
• Dans l’histoire du vivant, on distingue cinq crises biologiques majeures dues à des causes géologiques soudaines (impacts météoritiques, grandes éruptions volcaniques).
• Les crises biologiques se manifestent par des extinctions massives dans tous les milieux et sur l’ensemble du globe, puis par une diversification rapide des survivants.

💡 Astuce mémo

Crise = Chute massive → Diversification rapide (géologique avant, anthropique maintenant).

📖 10. Crises biologiques passées et crise actuelle

🔑 Notions clés & Définitions

• Crise biologique : Une crise biologique est un événement rapide à l’échelle des temps géologiques qui entraîne la disparition d’un grand nombre d’espèces.
• Extinction massive : Une extinction massive correspond à la disparition d’un très grand nombre d’espèces, touchant de nombreux milieux et l’ensemble du globe.
• Diversification : La diversification est une augmentation rapide du nombre d’espèces après une crise, liée à la réorganisation des lignées survivantes.
• Anthropique : Anthropique signifie que la cause provient de l’action de l’être humain.

📝 Points essentiels

• Les crises biologiques passées se traduisent par des extinctions massives d’espèces dans tous les milieux et partout sur le globe.
• Après une crise, une diversification rapide des espèces peut suivre, comme après la disparition des dinosaures lors de la crise Crétacé-Paléocène.
• La crise Crétacé-Paléocène est un exemple où l’extinction des dinosaures a permis la diversification des mammifères.
• Nous vivons actuellement une sixième crise biologique, avec des taux d’extinction très élevés.
• Les causes de la crise actuelle sont anthropiques, donc liées aux activités humaines.

💡 Astuce mémo

Crise = Extinction massive → Diversification rapide ; Actuelle = Anthropique (humain)

📅 Repères chronologiques

Date	Événement
1942	Ernst Mayr renforce le concept biologique de l’espèce par le critère de reproduction
1971	Introduction sur l’île croate de Pod Mrcaru de dix lézards de Podarcis sicula
33 ans	Après 33 ans d’isolement, retour des chercheurs pour constater les résultats de l’expérience
65 millions d’années	Crise Crétacé-Paléocène : disparition des dinosaures
30 000	Nombre de plantes menacées (données présentées pour la crise actuelle)

📊 Tableaux de synthèse

Comparaison des mesures selon le piétinement

Situation	Richesse spécifique	Piétinement
Fortement piétinée	Plus faible	Fortement piétinée
Peu piétinée	Plus élevée	Peu piétinée

Comparaison des lézards : île d’origine vs île d’introduction

Caractéristique	Île d’origine	Île d’introduction
Longueur moyenne de la tête (mm)	14,6	16,3
Force moyenne de fermeture de la mâchoire (N)	9,85	11,25
Vitesse moyenne de course (cm/sec)	184,9	175,6

⚠️ Pièges & confusions fréquents

1. Confondre richesse spécifique (nombre d’espèces) et abondance : le cours insiste sur la quantité d’espèces distinguées, pas sur le nombre d’individus.
2. Croire que le piétinement n’agit pas : il est présenté comme un facteur explicatif, plus fort près du chemin, modifiant la richesse spécifique.
3. Mélanger quadrats et transect : quadrats = surfaces délimitées, transect = ligne/bande avec plusieurs quadrats le long d’un gradient.
4. Penser que le concept biologique d’espèce implique toujours une barrière reproductive totale : le cours montre des limites (pizzly, Photuris/espèces jumelles).
5. Interpréter la diversité intraspécifique comme une diversité d’espèces : elle concerne des variations au sein d’une même espèce via phénotypes et génotypes.
6. Oublier le lien gène → allèles → phénotypes : les allèles sont des versions d’un gène, responsables de versions d’un caractère.
7. Croire que l’évolution rapide ne concerne que le long terme : l’exemple des lézards montre des changements en quelques générations.

✅ Checklist Examen

1. Définir la biodiversité et préciser les échelles d’étude (espèces, milieux/écosystèmes).
2. Expliquer comment la méthode des quadrats recense les espèces végétales (présence + estimation de la quantité).
3. Décrire l’usage d’un transect avec plusieurs quadrats sur une pelouse urbaine et l’idée de gradient (piétinement).
4. Interpréter l’effet du piétinement : relier distance au chemin, intensité du piétinement et richesse spécifique (avec barres d’incertitude).
5. Justifier pourquoi chaque parc constitue un écosystème à part entière à partir de la combinaison de conditions particulières (parcs proches d’espaces boisés vs artificialisés).
6. Relier richesse spécifique et comparaison entre parcs : expliquer d’abord la richesse spécifique, puis l’influence du piétinement, puis conclure à l’échelle pertinente.
7. Présenter l’origine de la diversité intraspécifique chez la coccinelle arlequin : diversité de phénotypes d’élytres au sein d’une même espèce interféconde.
8. Expliquer comment l’inactivation d’un gène (pannier) modifie les phénotypes chez des individus de coccinelles arlequin.
9. Justifier l’existence de plusieurs allèles à partir de la comparaison de séquences nucléotidiques (idée : séquences différentes → allèles différents).
10. Définir gène, allèle, génotype et phénotype, et expliquer le rôle des mutations dans la diversité génétique.
11. Expliquer le concept biologique de l’espèce : reproduction + descendance viable et fertile, et isolement reproductif.
12. Citer deux limites du concept biologique mises en évidence par les exemples du pizzly et des lucioles/Photuris (espèces jumelles, signaux, interfécondité).
13. Décrire les changements rapides de biodiversité sur Pod Mrcaru : contexte (introduction, compétition interspécifique) et résultats (régime alimentaire, morphologie/anatomie).
14. Comparer les valeurs chiffrées fournies (tête, mâchoire, vitesse de course) entre île d’origine et île d’introduction, et relier à l’adaptation alimentaire (valves caecales, fermentation, nématodes).