Flashcards: Introduction aux banques de données biologiques — 22 cards

Systèmes d’interrogation — rôle ?

Facilitent l’accès ciblé aux banques de données biologiques.

ACNUC — capacité ?

Requêtes précises sur une seule banque de données.

SRS — interrogation ?

Interroge simultanément jusqu’à 90 banques de données.

Gquery — limite ?

Interroge une seule base à la fois, spécifique au NCBI.

Langage d’interrogation — importance ?

Permet de formuler des requêtes précises dans chaque système.

Banques de données biologiques — types ?

Bibliographiques, textuelles, numériques, multimédias.

Base de données — définition ?

Ensemble structuré de données biologiques.

SGBD — rôle ?

Gère, organise et manipule les bases de données.

Organisation des banques — outil clé ?

Dictionnaire de données, LDD, LMD.

Histoire des banques — début ?

Atlas de séquences de Dayhoff en 1965.

Banques protéiques — exemples ?

SwissProt, TrEMBL, UniProt.

GenBank — spécialité ?

Séquences nucléotidiques, ADN et ARN.

Formes actuelles — banques primaires ?

Données brutes, non traitées.

Banques secondaires — caractéristiques ?

Données annotées, vérifiées, traitées.

Qualité des données — enjeu ?

Fiabilité, précision, vérification.

Redondance — définition ?

Copies multiples de mêmes données dans différentes banques.

Banques généralistes — exemple ?

Bases larges, comme GenBank.

Banques spécialisées — exemple ?

KEGG, OMIM, PDB, dbSNP.

Alignement de séquences — but ?

Comparer pour identifier similitudes et différences.

Alignement global — méthode ?

Compare toute la longueur des séquences.

Alignement local — méthode ?

Cherche régions conservées entre séquences.

Outils d’alignement — exemples ?

BLAST, FASTA, ClustalW, MAFFT.