Flashcards: Introduction à la modélisation moléculaire et dynamique — 24 cards

Énergies liées — définition ?

Énergies de liaison, d’angle, de torsion, sortie hors plan.

Interaction Van der Waals — rôle ?

Modélise les forces stériques entre atomes éloignés.

Énergie Coulombienne — dépendance ?

Charges, distance, constante diélectrique.

Minimisation d’énergie — objectif ?

Trouver la conformation stable locale ou globale.

Recherche systématique — but ?

Explorer conformations pour minima d’énergie.

Calculs dynamiques — paramètres ?

Vitesse, accélération, position, ensembles thermodynamiques.

RMSD — qu’est-ce ?

Mesure de différence géométrique entre conformations.

Algorithme leapfrog — principe ?

Vitesses à mi-pas pour stabilité.

Algorithme Verlet — principe ?

Mise à jour des positions sans calcul direct de vitesse.

Phases d’un calcul DM — étapes ?

Minimisation, equilibration, production, validation.

Données RMN — quelles contraintes ?

Angles dièdres, distances, effets nOe, couplages.

Recuit simulé — principe ?

Refroidissement lent pour éviter minima locaux.

Approche coarse grain — but ?

Simplifier la molécule pour simulations longues.

Validation structure — contrôles ?

Chiralité, Ramachandran, critères géométriques.

Analyse trajectoire — outils ?

RMSD, liaisons hydrogène, structures secondaires.

Algorithmes numériques — exemples ?

Leapfrog, Verlet.

Étapes pratiques DM — ordre ?

Minimisation, equilibration, production, validation.

Données RMN — utilisation en DM ?

Contraintes pour raffiner structures.

Recuit simulé — applications ?

Optimisation conformationnelle, cartésienne, angulaire.

Échelles temporelles DM — de quoi ?

Picoseconde à seconde, avec coarse grain.

Validation RMN — méthodes ?

Chiralité, Ramachandran, critères géométriques.

Interactions non liées — exemples ?

Van der Waals, Coulomb, cutoff Lennard-Jones.

Ensembles thermodynamiques — types ?

NVE, NVT, NPT.

Analyse RMSD — objectif ?

Comparer stabilité ou évolution structurelle.