Introduction à la métagénomique microbienne

1. 📌 L'essentiel

• La métagénomique analyse la diversité microbienne sans culture, via séçage direct d'ADN environnemental.
• Moins de 1% des microbes sont cultivables en laboratoire.
• Techniques principales : séquençage 16S rRNA (taxonomie) et shotgun (fonction, génomes).
• La diversité microbienne est évaluée par des métriques alpha (richesse, équitabilité) et beta (différences entre communautés).
• Reconstruction de génomes microbiens (MAGs) par assemblage et binning.
• Applications majeures : santé humaine, écologie, environnement, biotechnologie.
• La séquençage longue lecture et l'IA ouvrent de nouvelles perspectives.
• Cas d’étude : microbiomes océaniques, découverte de millions de nouveaux gènes.
• La métagénomique permet une compréhension approfondie de la microbiologie environnementale.
• Limites : coûts, complexité analytique, besoin de métadonnées précises.