Hoja de repaso: Diversité et organisation des récepteurs immunitaires

📋 Plan du Cours

1. Diversité des répertoires B et T
2. Épitopes et régions hypervariables
3. Organisation des gènes d’immunoglobuline
4. Recombinaison V(D)J et diversité combinatoire
5. Hypermutations somatiques et maturation
6. Commutation isotypique et régulation
7. Organisation des gènes du TCR
8. Diversité du répertoire T
9. Sélection clonale et tolérance
10. Isotypes et formes des immunoglobulines
11. Activation des lymphocytes T
12. Synapse immunologique et phases T

📖 1. Diversité des répertoires B et T

🔑 Notions clés & Définitions

• Répertoire B : Le répertoire B correspond à l’ensemble des spécificités d’anticorps qu’un individu peut produire.
• Répertoire T : Le répertoire T correspond à l’ensemble des spécificités de récepteurs des lymphocytes T qu’un individu peut produire.
• Diversité combinatoire des TCR : La diversité combinatoire des TCR désigne la génération de récepteurs variés principalement par le choix et l’assemblage des segments de jonction.
• Élimination des clones autoréactifs : L’élimination des clones autoréactifs est le mécanisme qui supprime les clones T ou B capables de reconnaître le soi pendant la maturation.

📝 Points essentiels

• Le répertoire B est estimé autour de 10^11 spécificités d’anticorps potentielles.
• Le répertoire T est estimé autour de 10^15 spécificités potentielles, et il est plus vaste que le répertoire B.
• Même si le nombre potentiel de BCR et TCR est énorme, le nombre réel de clones présents à un instant t est beaucoup plus faible.
• La diversité structurale du TCR provient surtout de la diversité combinatoire des jonctions, portée notamment par le grand nombre de segments J.
• Le TCR se distingue du BCR par l’absence de mutation somatique et d’absence de commutation isotypique.
• Le répertoire réel chez un individu dépend des stimulations antigéniques et de sélections qui éliminent les clones autoréactifs dans les organes lymphoïdes primaires.

📖 2. Épitopes et régions hypervariables

🔑 Notions clés & Définitions

• Épitope conformationnel : Épitope de forme tridimensionnelle défini par des acides aminés voisins en espace, mais pas forcément en séquence.
• Épitope séquentiel : Épitope défini par une courte séquence d’acides aminés reconnue par l’anticorps.
• Région hypervariable : Segment de l’immunoglobuline où des acides aminés de liaison varient fortement et déterminent la spécificité de reconnaissance.
• Paratope : Zone de l’anticorps impliquée dans la liaison à l’antigène, dont la complémentarité avec l’épitope est localisée à certains domaines.

📝 Points essentiels

• Un épitope conformationnel dépend de la juxtaposition spatiale d’acides aminés, et s’il n’y a plus cette structure (protéine linéarisée), la reconnaissance peut être perdue.
• Un épitope séquentiel est construit à partir d’une courte succession d’acides aminés dans la chaîne.
• Les acides aminés impliqués dans la liaison épitope sont beaucoup plus variables dans les régions hypervariables que dans le reste de l’immunoglobuline.
• La complémentarité épitope-paratope n’est pas générale : elle est limitée à des régions particulières de l’anticorps.
• Il existe 3 régions hypervariables jouant un rôle dans la reconnaissance de l’épitope et responsables de la spécificité de l’immunoglobuline ou du BCR.

📖 3. Organisation des gènes d’immunoglobuline

🔑 Notions clés & Définitions

• Locus Ig : Le locus d’immunoglobuline est la région du génome où sont regroupés les segments destinés aux réarrangements des chaînes d’Ig.
• Exclusion allélique : L’exclusion allélique impose qu’une cellule B empêche deux allèles de réussir des jonctions productives en même temps.
• Jonction productive : Une jonction productive est une jonction de recombinaison qui donne un résultat utilisable et signale d’arrêter le réarrangement en cours.
• Réarrangement V(D)J : Le réarrangement V(D)J est l’assemblage des segments V, D et J pour construire un gène fonctionnel de chaîne d’immunoglobuline.
• Ordre séquentiel des jonctions : L’ordre séquentiel des jonctions décrit la succession des recombinaisons au cours de la maturation des chaînes lourdes puis légères.

📝 Points essentiels

• Chaque allèle du locus Ig peut se réarranger, mais la cellule doit empêcher deux jonctions productives simultanées pour éviter l’expression de deux spécificités différentes.
• Dès qu’une jonction productive est obtenue, la cellule stoppe la phase de réarrangement en cours et passe à l’étape suivante.
• Chaque réarrangement a environ 1/3 de chances d’être correct.
• Le programme de maturation réarrange d’abord les chaînes lourdes puis les chaînes légères, avec 3 événements dans cet ordre : D-A-J des lourdes, V-A-D-J des lourdes, puis V-A-J des légères.
• Le locus κ est généralement assemblé avant le locus λ, et l’échec des réarrangements entraîne la mort d’environ 90% des cellules B.

💡 Astuce mémo

Stop quand c’est productif : une seule réussite → exclusion allélique; séquence Lourdes (D-A-J puis V-A-D-J) puis Légères (V-A-J).

📖 4. Recombinaison V(D)J et diversité combinatoire

🔑 Notions clés & Définitions

• Réarrangements des gènes Ig : Réarrangements génomiques des gènes d’immunoglobuline permettant d’obtenir des récepteurs B capables de reconnaître spécifiquement l’antigène.
• Sites de polyadénylation alternatifs : Mécanismes de clivage polyadénylation à des positions différentes qui génèrent des transcrits portant des combinaisons distinctes de segments C.
• Épissage des exons Ig : Étape d’épissage qui élimine certains exons dans un transcrit donné, modifiant la chaîne d’immunoglobuline effectivement traduite.

📝 Points essentiels

• Le transcrit primaire d’une cellule B peut contenir le segment Cμ et le segment Cδ.
• Selon le site de polyadénylation utilisé, la cellule produit soit un transcrit ne comprenant que Cμ, soit un transcrit incluant Cμ et Cδ.
• Dans le transcrit contenant Cμ et Cδ, les exons Cμ sont éliminés par épissage, de sorte que seule la chaîne δ est traduite.

💡 Astuce mémo

Même gène, deux “sorties” : change le site de polyA → change Cμ seul vs Cμ+Cδ → épissage retire Cμ donc ne reste que δ.

📖 5. Hypermutations somatiques et maturation

🔑 Notions clés & Définitions

• Signalosome LAT : Ensemble des protéines recrutées autour de LAT lors de l’activation T, qui déclenche des voies de signalisation menant à l’activation de facteurs de transcription.
• Phase de contraction des LT : Étape post-activation où les lymphocytes T activés sont éliminés pour préserver l’homéostasie via des mécanismes de mort cellulaire.
• Réservoir de la mémoire T : Population de lymphocytes T à durée de vie plus longue issue de l’activation, capable de persister après l’arrêt des signaux.

📝 Points essentiels

• La réponse T post-activation comporte 3 phases successives : expansion transitoire, contraction puis mise en place d’un réservoir mémoire.
• L’élimination pendant la contraction peut résulter soit d’un manque de facteurs de survie en absence de signal antigénique (ACAD), soit d’une stimulation antigénique persistante impliquant des récepteurs de mort (AICD).
• L’arrêt de l’activation T est contrebalancé par CTLA4, dont l’augmentation progressive entre en compétition directe avec CD28 pour le même ligand CD80.
• L’inhibition via PD1 passe par le recrutement de phosphatases (SHP1/SHP2) qui freinent les signaux de phosphorylation au niveau du TCA.
• PD1 peut aussi activer CBL-B (activité ubiquitine-ligase) conduisant à la dégradation de molécules de signalisation clés comme PI3K, PLC gamma ou la PKC.

💡 Astuce mémo

Expansion → Contraction (ACAD/AICD) → Mémoire; freinage par CTLA4 (CD28) puis PD1 (SHP1/SHP2, CBL-B).

📖 6. Commutation isotypique et régulation

🔑 Notions clés & Définitions

• Changement de classe : Modulation de la nature des immunoglobulines produites, observée lors d’une réponse secondaire après activation des LB.
• Changement d’affinité : Amélioration de la qualité de liaison des anticorps, associée au changement de classe pendant une réponse secondaire.
• Réponse secondaire : Activation reprise lors d’un nouvel antigène, permettant aux LB d’évoluer vers des anticorps dont les propriétés ont été modifiées.
• Co-signaux membranaires : Signaux fournis par d’autres molécules à la suite de l’activation par le BCR, nécessaires pour compléter l’activation des LB.

📝 Points essentiels

• La commutation (changement de classe) et le changement d’affinité des anticorps surviennent lors d’une réponse secondaire.
• L’activation des LB en périphérie dépend d’un signal déclenché par l’interaction BCR–épitope.
• Des molécules membranaires supplémentaires doivent fournir des co-signaux pour permettre l’activation complète des LB.
• En périphérie, l’activation par l’Ag spécifique conduit à la prolifération et à la différenciation en plasmocytes sécrétant des anticorps et en cellules mémoires.

💡 Astuce mémo

BCR épitope + co-signaux = LB activé; nouvel antigène = réponse secondaire → changement de classe + affinité.

📖 7. Organisation des gènes du TCR

🔑 Notions clés & Définitions

• IKAROS : Facteur de transcription requis pour l’engagement du lignage lymphoïde, dont l’absence bloque la production des cellules T.
• Notch-1 : Signal moléculaire spécifique du lignage T participant au développement des cellules T en amont de l’expression fonctionnelle du TCR.
• Gata-3 : Facteur associé au lignage T qui soutient le développement des cellules T à un stade précoce.

📝 Points essentiels

• Chez les souris déficientes en IKAROS, aucune cellule T n’est produite, et la production de cellules B et NK est aussi absente.
• Les facteurs Notch-1 et Gata-3 sont décrits comme spécifiques de la lignée T.
• Les facteurs IKAROS, Notch-1 et Gata-3 agissent à des stades précoces du développement lymphocytaire, avant la mise en place des répertoires de récepteurs.

📖 8. Diversité du répertoire T

🔑 Notions clés & Définitions

• TCR : Récepteur des lymphocytes T qui reconnaît un peptide antigénique présenté par le CMH à la surface d’une cellule.
• CMH classe II : Molécule du complexe majeur d’histocompatibilité qui présente aux lymphocytes T auxiliaires des peptides d’origine protéique.
• Lymphocyte T helper Th2 : Sous-type de lymphocyte T auxiliaire qui coopère avec le lymphocyte B et déclenche des signaux permettant l’activation humorale.

📝 Points essentiels

• L’activation T-B nécessite une coopération où le Th2 a d’abord reconnu un peptide antigénique présenté par une CPA via son TCR.
• La pleine activation du lymphocyte B dépend d’un double mécanisme : reconnaissance de l’antigène par le BCR et co-stimulation provenant du lymphocyte T.
• Quand le lymphocyte T reçoit le signal via son TCR et la voie CD28, il exprime du CD40-ligand à sa surface.
• Le CD40-ligand du T se lie au CD40 porté par le lymphocyte B, permettant l’activation et la poursuite de la réponse.
• La synapse immunologique correspond au contact fonctionnel entre lymphocytes T et B lors de leur coopération.
• Le signal T utile à la coopération passe par la reconnaissance du complexe CMH de classe II–peptide par le TCR.

💡 Astuce mémo

TCR pense peptide-2 : TCR (peptide–CMH II) puis CD28 → CD40L → CD40 pour lancer la réponse B.

📖 9. Sélection clonale et tolérance

🔑 Notions clés & Définitions

• Tolérance centrale : La tolérance centrale est l’ensemble des mécanismes qui éliminent ou neutralisent, dans les organes primaires, les lymphocytes B auto-réactifs.
• Sélection négative : La sélection négative est le processus où des lymphocytes B immatures reconnaissant fortement le soi déclenchent un arrêt de survie avec élimination.
• Récepteur editing : Le récepteur editing est un réarrangement de la chaîne légère chez le lymphocyte B immature pour modifier la spécificité et réduire l’auto-réactivité.
• Anergie : L’anergie est une mise en inactivité fonctionnelle d’un lymphocyte B immature auto-réactif avant sa maturité, sans forcément déclencher une mort immédiate.
• Ignorance clonale : L’ignorance clonale est un scénario où un clone B auto-réactif échappe aux mécanismes actifs de tolérance parce que l’antigène du soi est peu ou pas présent.

📝 Points essentiels

• Le développement B en moelle osseuse impose une sélection indépendante de l’antigène étranger, puis une sélection liée à la reconnaissance du soi avant la maturation.
• Un BCR immature qui reconnaît des molécules du soi entraîne soit une anergie, soit une élimination par délétion clonale.
• Le choix anergie vs délétion clonale dépend de l’affinité du BCR pour l’antigène du soi.
• Le récepteur editing est le mécanisme principal de tolérance centrale des LB et ne survient qu’avec les LB immatures en moelle osseuse.
• En dessous d’un seuil d’affinité (ou si l’antigène agrège peu), les clones auto-réactifs sont tolérisés par anergie, alors qu’en l’absence ou la rareté d’antigène du soi ils quittent la moelle via l’ignorance clonale,…
• Chez la souris, on estime qu’au moins 25% des LB matures portent des gènes de chaînes légères indiquant un réarrangement de récepteur au cours du développement.

💡 Astuce mémo

Affinité du soi : forte → (agrégation) délétion ou réédition ; moyenne → réédition ; faible → anergie ; absent/faible présence → ignorance.

📖 10. Isotypes et formes des immunoglobulines

🔑 Notions clés & Définitions

• IgM : Les immunoglobulines de type IgM sont produites en premier par des plasmocytes issus de B à faible affinité, avec une réponse initiale de courte durée.
• IgG : Les immunoglobulines de type IgG sont des anticorps issus de la commutation isotypique, favorisant une réponse humorale T-dépendante à forte affinité.
• IgA : Les immunoglobulines de type IgA sont des anticorps produits après commutation isotypique lors de réponses T-dépendantes, adaptés aux réponses locales.
• Commutation isotypique : La commutation isotypique est la modification de l’isotype des anticorps portée par le LB après activation via notamment l’interaction CD40-CD40L et modulée par les cytokines du LT helper.
• Syndrome hyper-IgM : Le syndrome hyper-IgM correspond à un défaut d’expression du CD40-ligand, empêchant la commutation et limitant la production aux anticorps IgM.

📝 Points essentiels

• Les plasmocytes de faible affinité produisent des IgM pendant quelques jours avant l’évolution de la réponse.
• Après quelques semaines, des centres germinatifs sélectionnent des plasmocytes et des lymphocytes B mémoires de forte affinité pour un antigène donné.
• Les réponses T-dépendantes génèrent principalement des anticorps IgG et IgA (ou autres isotypes) de meilleure affinité.
• La commutation isotypique nécessite un signal clé via CD40 transmis après liaison du CD40-ligand sur le LT helper.
• Un défaut de CD40-ligand conduit à une incapacité de commutation de classe et donc à une production restreinte d’anticorps IgM.

💡 Astuce mémo

CD40-CD40L : commutation ok → IgG/IgA ; CD40L KO → hyper-IgM → seulement IgM.

📖 11. Activation des lymphocytes T

🔑 Notions clés & Définitions

• TCR CD4 : En lymphocytes T helper, le TCR reconnaît le complexe CMHII-peptide et s’associe à CD4 pour ancrer la reconnaissance antigénique.
• Co-stimulation CD28 : En réponse à la co-stimulation, CD28 sur le lymphocyte T amplifie l’activation déclenchée par la reconnaissance du CMHII-peptide.
• CD40-ligand : Sur le lymphocyte T helper activé, le CD40-ligand se lie au CD40 porté par la cellule B et rend possible sa poursuite fonctionnelle.
• Synapse immunologique : La synapse immunologique est la zone de contact stable entre un lymphocyte T helper et une CPA, réunissant reconnaissance, co-stimulation et adhérence.
• Cytokines des LT helper : Les LT helper activés sécrètent des cytokines qui orientent la nature de la différenciation et notamment la commutation de classe des cellules B.

📝 Points essentiels

• La liaison immunologique nécessite la reconnaissance du complexe CMHII-peptide par le TCR et l’engagement de CD4 sur le lymphocyte T.
• La co-stimulation se fait par l’interaction B7-CD28, ce qui renforce le signal d’activation T.
• L’adhérence entre LT et CPA implique I-CAM1 et L-FA1 pour stabiliser le contact.
• Après réception des signaux via TCR et CD28, le LT helper augmente fortement l’expression de CD40-ligand à sa surface.
• Le CD40-ligand active le lymphocyte B via CD40, étape cruciale pour permettre la commutation de classe et la différenciation.
• Les LT helper ne sécrètent des cytokines qu’une fois activés, et ces cytokines conditionnent la commutation de classe des LB.

📖 12. Synapse immunologique et phases T

🔑 Notions clés & Définitions

• Synapse LT-cellule dendritique : Point de contact immunologique où un LT spécifique reconnaît l’antigène présenté à la surface d’une cellule dendritique.
• Zone T et B : Organisation du ganglion où les LT restent dans la zone T et les LB circulent vers la limite avec la zone B jusqu’à rencontrer l’antigène.
• Cellules T auxiliaires : LT capables de coopérer avec des LB qui ont capturé l’antigène et de leur fournir les signaux nécessaires à la poursuite de la différenciation.
• Interaction CD40-ligand-CD40 : Mécanisme de coopération T-B qui déclenche la commutation de classe et permet la poursuite de la différenciation des cellules B centrocytes.
• Phases de la réponse secondaire : Séquence temporelle d’une réponse humorale déclenchée par des cellules mémoires, avec une latence plus courte puis une phase effectrice plus longue suivie d’une décroissance.

📝 Points essentiels

• Les LT spécifiques d’un antigène se maintiennent dans la zone T et ne s’activent qu’au moment où ils rencontrent l’antigène présenté à la surface d’une cellule dendritique.
• À la limite zone T/zone B, les LB qui trouvent leur antigène dans la zone T reçoivent une coopération de LT helper spécifique, ce qui initie un foyer primaire T et B.
• La coopération LT-LB repose notamment sur l’interaction CD40-ligand-CD40, qui permet la commutation de classe et la poursuite de la différenciation des centrocytes vers plasmocytes ou LB mémoire.
• Lors d’une seconde rencontre, la réponse secondaire comprend une phase de latence plus courte, une amplitude plus forte avec un plateau plus long, puis une décroissance plus lente pour éliminer efficacement les…

💡 Astuce mémo

Zone T : LT attendent et n’agissent qu’au contact antigène–cellule dendritique ; à la frontière T/B, le signal CD40 fait basculer vers commutation et différenciation.

📅 Repères chronologiques

Date	Événement
quelques jours	Production initiale d’IgM (réponse primaire) avant évolution de la réponse
15 jours	Apogée du centre germinatif au cours de la réponse primaire
3 semaines	Déclin du centre germinatif si l’antigène est éliminé
1 mois	Disparition quasi complète du centre germinatif une fois l’antigène éliminé

📊 Tableaux de synthèse

Répertoire B vs répertoire T

Élément	Ordre de grandeur (spécificités)	Points distinctifs
Répertoire B	10^11	BCR modifiable uniquement via mécanismes d’activation/maturation; réarrangements + sélections; ~ clones réels à t très…
Répertoire T	10^15 (+ vaste que B)	Diversité surtout combinatoire des jonctions (beaucoup de segments J); pas de mutation somatique; pas de commutation…

Épitope conformationnel vs séquentiel

Type	Définition	Conséquence
Conformationnel	acides aminés (ou molécules) juxtaposés dans l’espace, pas forcément en séquence	si la protéine est linéarisée (ex. chauffage), l’épitope est détruit et l’Ac perd sa reconnaissance
Séquentiel	courte succession d’acides aminés	reconnaissance fondée sur la séquence courte

⚠️ Pièges & confusions fréquents

1. Confondre épitope conformationnel et séquentiel : le conformationnel dépend de la structure spatiale (linéarisation → perte de reconnaissance).
2. Croire que le TCR/BCR se distinguent par la présence/absence de mutation somatique uniquement : le TCR n’a aussi pas de commutation isotypique (contrairement aux LB).
3. Mélanger l’exclusion allélique avec l’anergie : l’exclusion allélique empêche deux jonctions productives simultanées; l’anergie est une mise en inactivité fonctionnelle après reconnaissance du soi par un BCR immature.
4. Se tromper sur l’ordre des recombinaisons des lourdes : D-A-J puis V-A-D-J, puis seulement pour les légères V-A-J (et κ avant λ).
5. Penser que la diversité combinatoire des TCR provient surtout de mutations : ici elle vient principalement du choix/assemblage des segments de jonction (notamment le grand nombre de segments J).
6. Interpréter la commutation isotypique comme un changement de spécificité antigénique : la commutation conserve la spécificité (VH reste associé à une région constante d’un autre isotype).
7. Oublier la nécessité du second signal pour activer pleinement les LB (signal 1 BCR-Ag + co-stimulation T via CD40/CD40L) et croire que la reconnaissance seule suffit.

✅ Checklist Examen

1. Donner la différence entre répertoire B et répertoire T (ordre de grandeur et diversité structurale/combinatoire) et rappeler que le répertoire réel dépend des stimulations et des sélections.
2. Classer un épitope comme conformationnel ou séquentiel, puis relier chaque type à la définition et à l’idée de perte de reconnaissance lors de la linéarisation (si conformationnel).
3. Décrire l’organisation des gènes d’immunoglobuline : locus Ig, familles V/D/J, réarrangements productifs codants, et rôle de l’exclusion allélique (arrêt dès qu’une jonction productive est obtenue).
4. Lister les 3 événements de recombinaison dans l’ordre pour les chaînes lourdes puis légères (D-A-J, V-A-D-J, puis V-A-J) et préciser le destin d’environ 90% des cellules B en cas d’échec.
5. Expliquer comment la polyadénylation alternative et l’épissage déterminent l’expression Cμ seule vs Cμ+Cδ puis aboutissent à la traduction de la chaîne δ.
6. Décrire les phases post-activation des LT (expansion transitoire, contraction, réservoir mémoire) et distinguer ACAD vs AICD pendant la contraction.
7. Relier l’arrêt de l’activation T aux régulateurs négatifs : CTLA4 en compétition avec CD28 (même ligand CD80) puis PD1 (SHP1/SHP2 et CBL-B).
8. Décrire la commutation isotypique : réponse secondaire, nécessité du signal CD40-CD40L, et conséquences attendues (IgG/IgA vs hyper-IgM si défaut de CD40L).
9. Expliquer le mécanisme de coopération T-B : Th2 reconnaît CMH II–peptide (signal T utile via TCR-CD4 puis CD28) et exprime CD40-ligand qui active CD40 sur le LB (commutation).
10. Rappeler les mécanismes de tolérance centrale B (délétion clonale, réédition, anergie, ignorance clonale) et le principe de dépendance à l’affinité/présence du soi (édition majoritaire pour LB immatures).
11. Enchaîner la vie des Ig après activation : IgM initiales (quelques jours), centres germinatifs, sélection hypermutationnelle, plasmocytes vs cellules mémoires.
12. Décrire la cinétique/architecture de la réponse T puis B : synapse immunologique (LT-CPA ou LT-B), phases de la réponse secondaire (latence plus courte, amplitude/plateau plus fort, décroissance plus lente) et rôle de…