Énergies liées — définition ?
Énergies de liaison, d’angle, de torsion, sortie hors plan.
Interaction Van der Waals — rôle ?
Modélise les forces stériques entre atomes éloignés.
Énergie Coulombienne — dépendance ?
Charges, distance, constante diélectrique.
Minimisation d’énergie — objectif ?
Trouver la conformation stable locale ou globale.
Recherche systématique — but ?
Explorer conformations pour minima d’énergie.
Calculs dynamiques — paramètres ?
Vitesse, accélération, position, ensembles thermodynamiques.
RMSD — qu’est-ce ?
Mesure de différence géométrique entre conformations.
Algorithme leapfrog — principe ?
Vitesses à mi-pas pour stabilité.
Algorithme Verlet — principe ?
Mise à jour des positions sans calcul direct de vitesse.
Phases d’un calcul DM — étapes ?
Minimisation, equilibration, production, validation.
Données RMN — quelles contraintes ?
Angles dièdres, distances, effets nOe, couplages.
Recuit simulé — principe ?
Refroidissement lent pour éviter minima locaux.
Approche coarse grain — but ?
Simplifier la molécule pour simulations longues.
Validation structure — contrôles ?
Chiralité, Ramachandran, critères géométriques.
Analyse trajectoire — outils ?
RMSD, liaisons hydrogène, structures secondaires.
Algorithmes numériques — exemples ?
Leapfrog, Verlet.
Étapes pratiques DM — ordre ?
Minimisation, equilibration, production, validation.
Données RMN — utilisation en DM ?
Contraintes pour raffiner structures.
Recuit simulé — applications ?
Optimisation conformationnelle, cartésienne, angulaire.
Échelles temporelles DM — de quoi ?
Picoseconde à seconde, avec coarse grain.
Validation RMN — méthodes ?
Chiralité, Ramachandran, critères géométriques.
Interactions non liées — exemples ?
Van der Waals, Coulomb, cutoff Lennard-Jones.
Ensembles thermodynamiques — types ?
NVE, NVT, NPT.
Analyse RMSD — objectif ?
Comparer stabilité ou évolution structurelle.
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1. En quoi l’énergie de torsion diffère-t-elle de l’énergie de sortie hors du plan (OOP) dans les énergies potentielles des atomes liés ?
2. En quoi diffèrent principalement le potentiel de Lennard-Jones et l’énergie coulombienne dans la modélisation des interactions non liées entre atomes ?
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