Introduction aux méthodes phylogénétiques

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📋 Plan du Cours

  1. Matrice de divergence entre les séquences
  2. Alignement multiple des séquences
  3. Matrice des alignements par paires
  4. Arbre des distances
  5. Alignement progressif de la paire la plus similaire à la plus éloignée
  6. Méthode UPGMA de Sokal et Michener
  7. Méthode du Neighbour Joining (NJ) de Saitou et Nei
  8. Méthode du maximum de parcimonie
  9. Méthode bayésienne de Delsuc et Douzery
  10. Phase ascendante dans la reconstruction d'arbre
  11. Reconstruction d'arbres pour chaque copie modifiée
  12. Attribution des scores de confiance aux branches d'arbre

📖 1. Matrice de divergence entre les séquences

🔑 Notions clés & Définitions

  • Phénotype : Est tout caractère ou trait observable dʼun organisme.
  • Khamessi Oussema : Enseignant-chercheur en bioinformatique fonctionnelle à l'Université de Manouba, spécialisé en génomique comparative, phylogénie et évolution moléculaires.

📝 Points essentiels

  • La matrice de divergence mesure la proportion de sites différents entre deux séquences, appelée p-distance.
  • Les transitions sont des substitutions entre bases de même type (purine ↔ purine ou pyrimidine ↔ pyrimidine) et sont généralement plus fréquentes que les transversions.
  • Les transversions sont des substitutions entre bases de types différents (purine ↔ pyrimidine).

💡 À retenir

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Quiz preview

1. Quelle est la conséquence principale de la création de plusieurs versions des données par ré-échantillonnage lors de la phase ascendante dans la reconstruction d'arbre ?

2. À quelle fréquence une nouvelle version de la base de données GenBank est-elle publiée ?

3. Quel est le rôle principal de la méthode du Neighbour Joining (NJ) en phylogénie ?

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Flashcards preview

Matrice de divergence — définition ?

Proportion de sites différents entre deux séquences.

Alignement multiple — rôle ?

Comparer plusieurs séquences pour détecter homologues et relations évolutives.

Matrice des alignements par paires — fonction ?

Compiler distances ou scores entre chaque paire de séquences.

Arbre des distances — base ?

Construite à partir d'une matrice de distances entre séquences.

Alignement progressif — principe ?

Ajouter les séquences moins similaires selon leur similarité croissante.

UPGMA — hypothèse clé ?

Taux d’évolution constant (horloge moléculaire).

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Frequently asked questions

What does the revision sheet on Introduction aux méthodes phylogénétiques cover?

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