Flashcards: Introduction aux méthodes phylogénétiques — 24 cards

Matrice de divergence — définition ?

Proportion de sites différents entre deux séquences.

Alignement multiple — rôle ?

Comparer plusieurs séquences pour détecter homologues et relations évolutives.

Matrice des alignements par paires — fonction ?

Compiler distances ou scores entre chaque paire de séquences.

Arbre des distances — base ?

Construite à partir d'une matrice de distances entre séquences.

Alignement progressif — principe ?

Ajouter les séquences moins similaires selon leur similarité croissante.

UPGMA — hypothèse clé ?

Taux d’évolution constant (horloge moléculaire).

Méthode NJ — différence avec UPGMA ?

Ne suppose pas l’horloge, construit arbre non enraciné.

Maximum de parcimonie — objectif ?

Trouver l’arbre minimisant le nombre de changements évolutifs.

Méthode bayésienne — approche ?

Utilise un modèle probabiliste pour inférer l’arbre le plus probable.

Phase ascendante — étape ?

Créer plusieurs arbres par ré-échantillonnage pour tester leur stabilité.

Arbres pour copies modifiées — but ?

Évaluer la robustesse des regroupements phylogénétiques.

Scores de confiance — comment ?

Fréquence d’apparition des branches dans les arbres bootstrap.

Différence UPGMA/NJ — hypothèse ?

UPGMA suppose horloge constante, NJ pas.

Alignement multiple — avantage ?

Identifie sites conservés et variables entre plusieurs séquences.

Matrice de divergence — utilisation ?

Quantifier différences évolutives entre deux séquences.

Arbre des distances — utilité ?

Représente synthétiquement divergences évolutives.

Alignement progressif — étape critique ?

Choix de la paire la plus similaire pour débuter.

Méthode bayésienne — inconvénients ?

Calculs longs, nécessite une distribution a priori.

Scores bootstrap — interprétation ?

Mesure de la fiabilité d’une branche.

Différence UPGMA/NJ — dans l’utilisation ?

UPGMA pour horloge constante, NJ pour plus de flexibilité.

Phase ascendante — objectif ?

Tester la stabilité des relations phylogénétiques.

Reconstruction pour copie modifiée — raison ?

Vérifier la cohérence des regroupements.

Scores de confiance — importance ?

Indiquent la solidité des branches de l’arbre.

Matrice de divergence — types de mutations ?

Transitions (purine↔purine, pyrimidine↔pyrimidine) et transversions (purine↔pyrimidine).