Flashcards: Principes et applications des microarrays ADN — 24 cards

Microarray ADN — principe ?

Hybridation spécifique entre sondes fixées et cibles marquées.

Sondes Perfect Match — rôle ?

Reproduire parfaitement la séquence cible pour une hybridation spécifique.

Mismatch probe — utilisation ?

Contrôler l'hybridation non spécifique.

Support microarray — exemples ?

Membrane, silicium, verre synthétique.

Application transcriptomique — objectif ?

Quantifier l’expression de milliers de gènes simultanément.

Puces bi-couleurs — principe ?

Comparer deux conditions avec deux fluorochromes (Cy3, Cy5).

Marquage direct — méthode ?

Incorporation de fluorochromes lors de la transcription inverse.

Conception puces ADN — méthode ?

Dépôt de sondes synthétisées ou synthèse in situ.

Préparation échantillons — étape clé ?

Extraction, contrôle qualité, hybridation.

Normalisation données — but ?

Éliminer biais systématiques pour comparabilité.

Clustering — objectif ?

Grouper gènes avec profils d’expression similaires.

Puces dédiées — exemple ?

Analyse de gènes liés à la neurotransmission.

Génotypage microarray — cible ?

Variations génétiques, SNV, CNV.

CGH-array — détection ?

Délétions, amplifications, trisomies.

ChIP-chip — principe ?

Identifier ADN lié à des protéines spécifiques.

BeadChip Illumina — utilisation ?

Génotypage SNP, étude méthylation.

Microarray miRNA — cible ?

Détection spécifique de miRNA mature.

Exome microarray — couverture ?

Tous les exons connus, transcrits alternatifs.

Microarrays génomiques — rôle ?

Détecter variations de séquence, CNV, mutations.

Techniques complémentaires — exemples ?

MeDIP-chip, DNase-chip, ChIP-chip.

Normalisation médiane — but ?

Ajuster pour que la médiane des intensités soit identique.

Analyse statistique — étape ?

Tests pour significativité, regroupement (clustering).

Applications spécifiques — exemples ?

Études de transcriptome complet, miRNA, exome.

Fabrication puces ADN — méthode ?

Dépôt de sondes par robot ou synthèse in situ.