Revision sheet: Principes et applications des microarrays ADN

📋 Plan du Cours

1. Principes fondamentaux des microarrays ADN et types de sondes
2. Applications des microarrays en transcriptomique et analyse d’expression génique
3. Techniques de marquage et détection des cibles sur microarrays
4. Conception et fabrication des puces à ADN : méthodes et technologies
5. Stratégies expérimentales et préparation des échantillons pour microarrays
6. Traitement des images et normalisation des données d’expression génique
7. Analyse statistique et regroupement (clustering) des profils d’expression
8. Exemples d’applications spécifiques de puces dédiées et pan-génomiques
9. Microarrays génomiques pour le génotypage et la détection de variations génétiques
10. Techniques complémentaires sur puces : ChIP-chip, MeDIP-chip et DNase-chip
11. Technologie BeadChip Illumina pour génotypage SNP et études de méthylation
12. Études spécifiques par microarrays : miRNA, transcriptome complet et exome

📖 1. Principes fondamentaux des microarrays ADN et types de sondes

🔑 Notions clés & Définitions

• Perfect Match probe : Marquage Cy3 2 populations ou conditions
• Mismatch probe : Sonde identique à la Perfect Match mais avec un mismatch central, utilisée pour contrôler l'hybridation non spécifique.
• Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays : Approche de microarrays basée sur la matrice d'unités d'hybridation fixées sur un support, utilisant des sondes ADN dénaturées ou synthétisées, avec des supports variés comme membranes ou silicium, pour analyser ADN ou ARN.

📝 Points essentiels

• Une microarray est une matrice d'unités d'hybridation sur un support, chaque unité contenant une sonde ADN fixée covalemment.
• Les sondes peuvent être des produits de PCR dénaturés, des oligonucléotides synthétisés puis déposés, ou synthétisés in situ directement sur la puce.
• Le support peut être une membrane de nylon, une lame de verre synthétique ou un dérivé du silicium.
• Les Perfect Match probes sont des sondes parfaitement complémentaires à la cible, tandis que les Mismatch probes possèdent un mismatch central pour contrôler l'hybridation non spécifique.
• Le choix de la température d'hybridation et de la stringence de lavage est critique pour assurer la spécificité d'hybridation sur des milliers de sondes différentes.

💡 À retenir

Comprendre la structure et la composition des microarrays ainsi que les types de sondes est essentiel pour maîtriser le principe fondamental de l'hybridation spécifique en microarrays ADN.

📖 2. Applications des microarrays en transcriptomique et analyse d’expression génique

🔑 Notions clés & Définitions

• Transcriptomique : Discipline qui étudie l'ensemble des ARN messagers exprimés dans une cellule ou un tissu à un moment donné, permettant d'analyser où et quand les gènes sont activés.
• ARNm : Molécule d'acide ribonucléique qui sert de copie intermédiaire des gènes exprimés, représentant les instructions pour la synthèse des protéines.
• Gènes de ménage (housekeeping genes) : Gènes exprimés de manière constitutive dans tous les tissus, représentant environ 10 000 des 15 000 gènes exprimés dans un tissu humain, assurant les fonctions cellulaires de base.
• Génome humain : Ensemble complet du matériel génétique humain, comprenant environ 22 000 gènes, dont environ 15 000 sont exprimés dans un tissu donné.
• Taux d'expression : 6400 gènes Réalisation de la matrice de sondes :  banque d'ADNc  6400 PCRs  6400 ORFs amplifiées Analyse des cibles : ARNm en conditions (1) et (2) (1) fermentation du glucose  épuisement du glucose  (2) respiration de l'éthanol produit en (1) (1)  (2) : le taux d'expression de 710 gènes est multiplié par au moins 2 le taux d'expression de 1030 gènes est divisé par au moins 2 le taux d'expression de 183 gènes est multiplié par 4 le taux d'expression de 203 gènes est divisé par 4 Parmi ces gènes, 400 sont « inconnus », sans homologie avec gènes connus.

📝 Points essentiels

• Les microarrays transcriptomiques permettent de quantifier l'expression de milliers de gènes simultanément à partir d'ARNm rétrotranscrit en ADNc.
• En transcriptomique, environ 15000 gènes sont exprimés dans un tissu, dont 10000 gènes de ménage et 5000 gènes spécifiques.
• Les puces bi-couleurs utilisent deux fluorochromes (Cy3 et Cy5) pour comparer l'expression relative de gènes entre deux conditions sur la même puce.
• L'analyse d'expression différentielle permet d'identifier des gènes dont le taux d'expression varie significativement entre conditions expérimentales.

💡 À retenir

Les microarrays transcriptomiques offrent une vision globale et comparative de l'expression génique, essentielle pour comprendre la régulation des gènes dans différents contextes biologiques.

📖 3. Techniques de marquage et détection des cibles sur microarrays

🔑 Notions clés & Définitions

• Amplification linéaire : méthode permettant d’obtenir un ARNc antisens marqué à partir d’un ADN complémentaire (ADNc), en multipliant la quantité de cibles par une procédure d’amplification qui conserve la proportion relative des différentes séquences, augmentant ainsi la sensibilité de détection.

• Marquage colorimétrique : technique de détection utilisant des colorants ou des agents colorés qui se fixent sur les cibles marquées, permettant une visualisation par coloration visible à l’œil ou par scanner spécifique.

• Révélation par streptavidine-fluorochrome : procédé utilisant la liaison spécifique de la streptavidine à la biotine pour détecter des cibles marquées à la biotine, en utilisant un fluorochrome attaché à la streptavidine pour amplifier le signal de fluorescence.

📝 Points essentiels

• Le marquage direct consiste à incorporer des fluorochromes tels que Cy3 ou Cy5 lors de la transcription inverse de l’ARNm en ADNc. Ces fluorochromes sont intégrés directement dans la molécule d’ADNc, ce qui permet une détection immédiate lors de l’hybridation sur le microarray. La longueur des fluorochromes et leur excitation spécifique permettent de distinguer plusieurs fluorochromes sur un même support, facilitant la technique bi-canaux.

• Le marquage indirect, quant à lui, repose sur l’incorporation d’aminonallyl-dNTP durant la transcription inverse. Après cette étape, les fluorochromes sont fixés covalemment sur ces sites aminés, ce qui offre une flexibilité supplémentaire dans la détection. Cette méthode permet de réaliser un marquage plus efficace ou plus stable, notamment lorsque l’incorporation directe n’est pas optimale.

• L’amplification linéaire constitue une étape clé pour augmenter la sensibilité de la détection. Elle permet d’obtenir un ARNc antisens marqué à partir d’un ADNc, en multipliant la quantité de cibles tout en conservant leur proportion relative. Cette amplification facilite la détection de faibles quantités de cibles, rendant la technique plus sensible.

• Sur support membrane de nylon, le marquage peut être colorimétrique, chimioluminescent ou radioactif. La détection colorimétrique repose sur une réaction visible, la chimioluminescence sur l’émission de lumière lors d’une réaction chimique, et la détection radioactive sur l’émission de particules ou de rayonnements, tous pouvant être analysés par un scanner phosphorimager pour quantifier la présence des cibles.

• La révélation par streptavidine-fluorochrome est utilisée pour détecter des cibles marquées à la biotine. La streptavidine, ayant une affinité très forte pour la biotine, se lie spécifiquement aux cibles biotinylées, et le fluorochrome attaché permet d’amplifier le signal de fluorescence. Cette technique est particulièrement utile pour détecter des cibles marquées indirectement ou pour renforcer la sensibilité de la détection.

💡 À retenir

La diversité des techniques de marquage, qu’elles soient directes ou indirectes, ainsi que les méthodes de détection colorimétriques, chimioluminescentes ou fluorochromes, offrent une flexibilité permettant d’adapter la sensibilité et la spécificité des microarrays aux différents types de cibles et supports.

📖 4. Conception et fabrication des puces à ADN : méthodes et technologies

🔑 Notions clés & Définitions

• Marqué par fluorescence Premières puces : Premiers types de puces à ADN utilisant un marquage fluorescent direct de l’ADNc par incorporation de fluorochromes tels que Cy3 ou Cy5 lors de la transcription inverse.
• Puces « 2 couleurs » ou bi-canaux : Puces utilisant deux fluorochromes différents, généralement Cy3 et Cy5, permettant la comparaison simultanée de deux conditions ou populations par hybridation compétitive sur la même puce.

📝 Points essentiels

• Les puces peuvent être fabriquées par dépôt de sondes synthétisées puis fixées covalemment sur la surface via des robots spotteurs (arrayers).
• Le bras espaceur est une liaison chimique qui facilite l’accès de la sonde à la cible lors de l’hybridation.
• La photolithographie utilise des UV pour déprotéger sélectivement les positions où une base doit être ajoutée lors de la synthèse.

💡 À retenir

La fabrication des puces à ADN repose sur des technologies avancées permettant un contrôle précis de la composition et de la densité des sondes pour optimiser la performance analytique.

📖 5. Stratégies expérimentales et préparation des échantillons pour microarrays

🔑 Notions clés & Définitions

• Microdissection laser : Technique permettant d'isoler précisément des cellules ou tissus spécifiques pour éviter l'hétérogénéité cellulaire dans les échantillons.
• Single Cell autoprep system : Système de préparation d'échantillons à partir d'une seule cellule, utilisant la technologie Fluidigm, pour réduire la quantité de matériel nécessaire et assurer l'homogénéité cellulaire.
• Versus souris : Comparaison expérimentale impliquant des échantillons de souris, souvent pour étudier l'expression génique en réponse à un traitement ou une condition.

📝 Points essentiels

• Le dessin en boucle compare directement deux échantillons en hybridant chaque paire sur une puce distincte.
• La microdissection laser et l'isolement microfluidique permettent d'obtenir des cellules homogènes ou uniques pour éviter l'hétérogénéité des tissus.
• Le contrôle de qualité des ARN, incluant pureté, quantité et intégrité, est essentiel avant hybridation, réalisé par des outils comme l'Agilent analyser.
• Le Single Cell autoprep system (Fluidigm) permet la préparation d'échantillons à partir d'une seule cellule, réduisant le matériel nécessaire.

💡 À retenir

Une préparation rigoureuse des échantillons et un design expérimental adapté sont cruciaux pour obtenir des données fiables et reproductibles en microarrays.

📖 6. Traitement des images et normalisation des données d’expression génique

🔑 Notions clés & Définitions

• Median normalization : Technique de normalisation des données d'expression génique qui ajuste les valeurs pour que la médiane des intensités des signaux soit identique entre différentes conditions, permettant ainsi de corriger les biais systématiques.
• Recentrage médian : Méthode de correction des données d'expression basée sur l'hypothèse que la majorité des gènes ne modifient pas leur expression entre conditions, consistant à recalculer les valeurs pour obtenir une médiane identique des intensités des signaux.
• Correction des biais systématiques : Processus visant à éliminer les variations non biologiques dans les données d'expression génique, telles que celles dues à la qualité des ARN extraits ou aux biais d'incorporation des fluorochromes, afin de rendre les données comparables.

📝 Points essentiels

• L'élimination du bruit de fond est nécessaire pour améliorer la précision des mesures d'intensité.
• Le recentrage médian repose sur l'hypothèse que la majorité des gènes ne changent pas d'expression entre conditions.
• La correction des biais systématiques permet d'éliminer les variations dues à la qualité des ARN ou à l'incorporation des fluorochromes.
• Si ce n’est pas le cas, il y a un biais que l’on élimine en recalculant les valeurs pour obtenir une médiane identique.

💡 À retenir

Le traitement d'image et la normalisation sont indispensables pour transformer les signaux bruts en données comparables et fiables d'expression génique.

📖 7. Analyse statistique et regroupement (clustering) des profils d’expression

🔑 Notions clés & Définitions

• Heat map : 8 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering
• Réplicats pour une interprétation statistique : Il est nécessaire d'avoir au moins 3 réplicats pour réaliser une interprétation statistique fiable des données d'expression génique, ce qui permet d'évaluer la significativité des différences observées.
• Pour une interprétation statistique des : L'interprétation statistique des données d'expression génique repose sur l'utilisation de tests statistiques qui évaluent la significativité des différences d'expression entre conditions pour chaque gène.

📝 Points essentiels

• Le clustering hiérarchique regroupe les gènes selon des profils d'expression similaires, révélant des co-régulations.
• L'analyse statistique combinée au clustering aide à identifier des groupes de gènes impliqués dans des processus biologiques spécifiques.

💡 À retenir

L'analyse statistique et le clustering sont des outils clés pour interpréter les données complexes d'expression génique et découvrir des régulations biologiques.

📖 8. Exemples d’applications spécifiques de puces dédiées et pan-génomiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Puces dédiées : Un type de puce à ADN conçu pour analyser l'expression d'un ensemble limité de gènes sélectionnés pour leur pertinence dans une application spécifique, comme la neurotransmission ou la classification tumorale.
• Puces pan-génomiques : Des puces commerciales couvrant l'ensemble du transcriptome, permettant une analyse globale de l'expression génique et la détection de variants d'épissage grâce à une couverture maximale des exons.
• GeneChip Human Gene 2.0 ST Array : Une puce pan-génomique d'Affymetrix mesurant plus de 30 000 transcripts codants et plus de 11 000 transcripts non codants, utilisant des sondes optimisées pour détecter les variants d'épissage par une couverture étendue des exons.

📝 Points essentiels

• La technologie Agilent SurePrint G3 utilise des sondes de 60 mers pour une haute définition et inclut des sondes de contrôle ERCC et E1A.
• Les puces pan-génomiques permettent aussi l'étude des variants d'épissage grâce à une couverture maximale des exons.
• Puces aussi pour les études de méthylation.

💡 À retenir

Les puces dédiées et pan-génomiques offrent des solutions adaptées, du ciblage précis à l'analyse exhaustive du transcriptome, selon les besoins biologiques.

📖 9. Microarrays génomiques pour le génotypage et la détection de variations génétiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Génotypage par microarray : technique utilisant de l'ADN génomique marqué pour identifier des variations de séquence ou de nombre de copies. Elle permet de rechercher des différences génétiques spécifiques, telles que des SNV ou mutations ponctuelles, à l’échelle du génome.

• Comparative Genomic Hybridization (CGH-array) : méthode de hybridation génomique comparative qui détecte des anomalies quantitatives, notamment délétions, amplifications pathologiques (ex : trisomie), ainsi que des variations du nombre de copies (CNV). Elle compare l’ADN d’un patient à un ADN de référence pour repérer ces anomalies.

• Copy Number Variation (CNV) : variations du nombre de copies d’une région spécifique du génome. Ces variations peuvent inclure des délétions ou des amplifications, et sont détectables par microarrays, notamment par CGH-array. Les CNV jouent un rôle important dans la diversité génétique et certaines pathologies.

• Loss Of Heterozygosity (LOH) : perte d’hétérozygotie d’une cellule, correspondant à la disparition d’un allèle parental. Elle indique une perte de matériel génétique provenant d’un des deux parents, souvent associée à des processus tumoraux ou à des anomalies génétiques. La détection du LOH se fait via microarrays spécifiques.

• Single Nucleotide Variant (SNV) : variation ponctuelle d’un seul nucléotide dans la séquence génétique. Les SNV incluent les SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et autres mutations ponctuelles. Leur identification par génotypage sur microarrays permet d’étudier la diversité génétique et d’associer des variants à des maladies.

📝 Points essentiels

• Les microarrays génomiques utilisent de l’ADN génomique marqué pour détecter des variations de séquence et de nombre de copies. Cette technique permet d’identifier des différences génétiques à l’échelle du génome, essentielles en recherche et en médecine.

• Le CGH-array permet de repérer des anomalies quantitatives telles que délétions, amplifications, trisomies, ainsi que des variations du nombre de copies. Il compare l’ADN d’un patient à un ADN de référence pour mettre en évidence ces anomalies.

• Les CNV représentent des variations du nombre de copies d’une région spécifique du génome. Leur détection par microarrays permet d’étudier la diversité génétique et leur implication dans diverses pathologies.

• Le LOH correspond à la perte d’hétérozygotie d’une cellule, indiquant la perte d’un allèle parental. La détection de cette perte est possible grâce à des microarrays spécialisés, ce qui est crucial dans l’étude des cancers et des anomalies génétiques.

• Les SNV incluent les SNP et mutations ponctuelles, qui peuvent être identifiés par génotypage sur microarrays. Ces variations sont fondamentales pour comprendre la génétique humaine, la susceptibilité aux maladies et la pharmacogénétique.

💡 À retenir

Les microarrays génomiques constituent des outils puissants pour détecter et caractériser diverses variations génétiques à l’échelle du génome, jouant un rôle central en génétique médicale et en recherche fondamentale. Leur capacité à repérer aussi bien les anomalies quantitatives que les mutations ponctuelles en fait des instruments indispensables pour l’étude de la diversité génétique et des pathologies associées.

📖 10. Techniques complémentaires sur puces : ChIP-chip, MeDIP-chip et DNase-chip

🔑 Notions clés & Définitions

• ChIP-chip : Une technique combinant l'immunoprécipitation de la chromatine avec des microarrays pour identifier les séquences d'ADN associées à des protéines spécifiques.
• Hypersensitive sites : Been shown to accurately predict regulatory elements such as promoter regions, enhancers and silencers.
• Puces génomiques : Des microarrays utilisés pour analyser à l'échelle du génome des caractéristiques telles que la liaison de protéines à l'ADN, la méthylation de l'ADN ou la structure chromatinienne.

📝 Points essentiels

• Le methylome correspond à la carte globale des modifications de méthylation de l'ADN dans un génome.
• Principe du CGH-array Situation normale ratio nb copies = 2/2 = 1 log2(ratio) = 0 Délétion hétérozygote ratio nb copies = 1/2 = 0,5 log2(ratio) = -1 Trisomie locale ratio nb copies = 3/2 = 1,5 log2(ratio) = +0,585 12 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Autres puces génomiques ChIP-chip  identification des sequences en Chromatine Immuno Précipitation MeDIP-chip Methylated-DNA immunoprecipitation  DNA methylation mapping and measurement across the genome.

💡 À retenir

Le methylome correspond à la carte globale des modifications de méthylation de l'ADN dans un génome.

📖 11. Technologie BeadChip Illumina pour génotypage SNP et études de méthylation

🔑 Notions clés & Définitions

• CGH array : Une technique d'hybridation génomique comparative sur puce permettant la détection d'anomalies quantitatives du génome, telles que délétions, amplifications, trisomies ou pertes d'hétérozygotie, par comparaison du signal d'ADN testé à un ADN de référence.
• Single-base extension : Une méthode d'extension enzymatique où une seule base marquée est ajoutée à l'extrémité d'une sonde hybridée à l'ADN cible, utilisant des ddNTPs marqués par des haptènes distincts pour identifier précisément les variants ponctuels ou SNPs.
• Ratio nb copies : Le rapport entre le nombre de copies d'une région génomique dans l'échantillon testé et celui d'un contrôle normal, permettant d'évaluer les anomalies de dosage génomique, par exemple 1/2 pour une délétion hétérozygote ou 3/2 pour une trisomie locale.

📝 Points essentiels

• La technologie BeadChip Illumina utilise un pool de microbilles distribuées aléatoirement dans des micro-puits, chaque bille portant une séquence spécifique d'adressage.
• Le décodage des billes se fait par localisation grâce à la séquence d’adressage unique.
• Après hybridation de l'ADN cible, une extension d'une seule base (single-base extension) est réalisée avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents (biotine, DNP).
• Les haptènes sont détectés par des protéines marquées (streptavidine, anticorps) couplées à des fluorochromes Cy3 et Cy5, amplifiant le signal.
• Les BeadChips sont utilisées pour le génotypage de centaines de milliers de SNPs et pour les études de méthylation de l'ADN.

💡 À retenir

La technologie BeadChip Illumina combine haute densité et multiplexage pour des analyses précises de génotypage et d'épigénétique à grande échelle.

📖 12. Études spécifiques par microarrays : miRNA, transcriptome complet et exome

🔑 Notions clés & Définitions

• MiRNA : Petites molécules d'ARN non codant dont la détection spécifique mature est réalisée par des microarrays utilisant des sondes comportant un ajout d’un G et une structure en hairpin en 5’ pour une hybridation ciblée.

📝 Points essentiels

• Le marquage des miRNA se fait par addition de ddCTP-Cy3, permettant de distinguer le miRNA mature du précurseur plus long.
• Les puces transcriptome complet ciblent des sondes localisées dans des exons constitutifs, souvent en 3’, pour couvrir tous les transcrits.
• Les puces exome couvrent tous les exons connus, incluant les transcrits alternatifs, pour une analyse exhaustive des régions codantes.
• La RT-qPCR TaqMan utilise une amorce avec une boucle permettant d’allonger la séquence et de placer la sonde TaqMan pour une détection spécifique des miRNA.
• Puces aussi pour les études de méthylation.
• Marquage du miR par addition de ddCTP-Cy3.

💡 À retenir

Les microarrays spécifiques permettent d'étudier des classes particulières d'acides nucléiques, comme les miRNA ou les exons, pour des analyses ciblées et complètes.

🧩 Compléments de couverture

1. Détail source à réviser : LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Microarrays puces à ADN DNA chips DNA arrays matrices d'ADN Concepts de base = multi dot blot inverse = matrice d'unités d'hybridation sur un support une sonde par unité d' (Source: "LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Microarrays puces à ADN DNA chips DNA arrays matrices d'ADN Concepts de base = multi dot blot inverse = matrice d'unités d'hybridation sur un support une sonde par unité d'hybridation support⎯ADN sonde  acide nucléique cible, à analyser, marquée ADN sonde = Produit de PCR dénaturé ou oligonucléotide de")
2. Détail source à réviser : par unité d'hybridation support⎯ADN sonde  acide nucléique cible, à analyser, marquée ADN sonde = Produit de PCR dénaturé ou oligonucléotide de synthèse déposé (« spoté ») après synthèse ou Oligonucléotide synthétisé di (Source: "par unité d'hybridation support⎯ADN sonde  acide nucléique cible, à analyser, marquée ADN sonde = Produit de PCR dénaturé ou oligonucléotide de synthèse déposé (« spoté ») après synthèse ou Oligonucléotide synthétisé directement sur la puce (synthèse in situ) Support = membrane de nylon ou lame de verre synthétique ou dérivé du silicium Cible = • ADNc ou")
3. Détail source à réviser : de verre synthétique ou dérivé du silicium Cible = • ADNc ou ARNc, synthétisés à partir d’ARNm extrait  étude transcriptomique d’expression des gènes au niveau ARN • ADNg  recherches de bactéries ou de virus analyses d (Source: "de verre synthétique ou dérivé du silicium Cible = • ADNc ou ARNc, synthétisés à partir d’ARNm extrait  étude transcriptomique d’expression des gènes au niveau ARN • ADNg  recherches de bactéries ou de virus analyses de variations de séquence ou d’altérations de l’ADNg Marquage colorimétrique, chimioluminescent, radioactif (33P) si support = membrane de")
4. Détail source à réviser : chimioluminescent, radioactif (33P) si support = membrane de nylon (numérisation par scanner de type phosphorimager pouvant être très résolutif (Typhoon)) fluorescence si support = verre/silicium Le défi choix d’une temp (Source: "chimioluminescent, radioactif (33P) si support = membrane de nylon (numérisation par scanner de type phosphorimager pouvant être très résolutif (Typhoon)) fluorescence si support = verre/silicium Le défi choix d’une température d’hybridation et de la stringence de lavage pour des milliers de sondes différentes. Repères chronologiques 1995 Première")
5. Détail source à réviser : différentes. Repères chronologiques 1995 Première publication de microarray Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. … Patrick O. Brown (Standford) 2007 Début des NGS 2013 (Source: "différentes. Repères chronologiques 1995 Première publication de microarray Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. … Patrick O. Brown (Standford) 2007 Début des NGS 2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces")
6. Détail source à réviser : : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale. DeRisi JL1, Iyer VR, Brown PO. 6400 gènes Réalisation de la matrice de sondes (Source: ": le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale. DeRisi JL1, Iyer VR, Brown PO. 6400 gènes Réalisation de la matrice de sondes :  banque d'ADNc  6400 PCRs  6400 ORFs amplifiées Analyse des cibles : ARNm en conditions (1) et (2) (1) fermentation du glucose ")
7. Détail source à réviser : est multiplié par 4 le taux d'expression de 203 gènes est divisé par 4 Parmi ces gènes, 400 sont « inconnus », sans homologie avec gènes connus. Exemple de puce artisanale Membrane-array method for the detection of human (Source: "est multiplié par 4 le taux d'expression de 203 gènes est divisé par 4 Parmi ces gènes, 400 sont « inconnus », sans homologie avec gènes connus. Exemple de puce artisanale Membrane-array method for the detection of human intestinal bacteria  Sondes fixées sur la membrane : 60 oligos longs (environ 50 mers) spécifiques chacun d’une séquence propre à une")
8. Détail source à réviser : 50 mers) spécifiques chacun d’une séquence propre à une espèce bactérienne dans le gène codant l’ARN 16S ; dessinées par bioinformatique.  Cibles marquées à la digoxigénine par PCR « ARN 16S universelle » en utilisant u (Source: "50 mers) spécifiques chacun d’une séquence propre à une espèce bactérienne dans le gène codant l’ARN 16S ; dessinées par bioinformatique.  Cibles marquées à la digoxigénine par PCR « ARN 16S universelle » en utilisant un couple d’amorces dessinées par étude bioinformatique choisies dans des régions conservées des gènes bactériens codant l’ARN 16S. La")
9. Détail source à réviser : conservées des gènes bactériens codant l’ARN 16S. La présence des amplicons est recherchée par hybridation sur la matrice d'ADN et révélation colorimétrique. 2 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 1- Puces tra (Source: "conservées des gènes bactériens codant l’ARN 16S. La présence des amplicons est recherchée par hybridation sur la matrice d'ADN et révélation colorimétrique. 2 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 1- Puces transcriptomiques Génome humain : 22000 gènes environ 15000 gènes exprimés dans un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage"")
10. Détail source à réviser : un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage" (housekeeping genes) et 5000 spécifiques du tissu et du stade de développement Exome = 2% du génome humain ARNm : 2 à 5% des ARN totaux Transcriptomique  Où, quand un (Source: "un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage" (housekeeping genes) et 5000 spécifiques du tissu et du stade de développement Exome = 2% du génome humain ARNm : 2 à 5% des ARN totaux Transcriptomique  Où, quand un gène est exprimé ? Quantifier cette expression. Modifications ? Le changement d’échelle : étude de l’expression de tous les gènes en")
11. Détail source à réviser : d’échelle : étude de l’expression de tous les gènes en une seule expérience.  vision globale, préalable à étude approfondie  sonde = séquence "signature" d'un gène fixation covalente sur un support (en général via un b (Source: "d’échelle : étude de l’expression de tous les gènes en une seule expérience.  vision globale, préalable à étude approfondie  sonde = séquence "signature" d'un gène fixation covalente sur un support (en général via un bras espaceur bras espaceur) = oligomère court (20-30 nt) ou oligomère long (50-70 nt)  cible = ARN messager rétrotranscrit en ADNc et")
12. Détail source à réviser : (50-70 nt)  cible = ARN messager rétrotranscrit en ADNc et marqué par fluorescence Premières puces = puces « 2 couleurs » ou bi-canaux  2 fluorochromes différents, en général Cy3 et Cy5 (dérivés de la cyanine). Longueu (Source: "(50-70 nt)  cible = ARN messager rétrotranscrit en ADNc et marqué par fluorescence Premières puces = puces « 2 couleurs » ou bi-canaux  2 fluorochromes différents, en général Cy3 et Cy5 (dérivés de la cyanine). Longueurs d’onde d’excitation et d’émission différentes)  Marquage direct de l’ADNc par reverse transcription avec incorporation de Cy3-dCTP ou")
13. Détail source à réviser : par reverse transcription avec incorporation de Cy3-dCTP ou de Cy5-dCTP  Comparaison de 2 conditions  Hybridation compétitive sur le même puce  Quantification relative  ratio d’expression (Confirmation-Quantification (Source: "par reverse transcription avec incorporation de Cy3-dCTP ou de Cy5-dCTP  Comparaison de 2 conditions  Hybridation compétitive sur le même puce  Quantification relative  ratio d’expression (Confirmation-Quantification précise par RT-qPCR) Comparaison de 2 conditions ou de 2 populations marquage fluorimétrique (direct) par incorporation lors de la RT")
14. Détail source à réviser : fluorimétrique (direct) par incorporation lors de la RT universelle Puce « 2 couleurs » Hybridation compétitive Lavage numérisations par microscanner à balayage laser  2 fichiers images numérisation sur 2 octets  216 = (Source: "fluorimétrique (direct) par incorporation lors de la RT universelle Puce « 2 couleurs » Hybridation compétitive Lavage numérisations par microscanner à balayage laser  2 fichiers images numérisation sur 2 octets  216 = 65536 nuances de gris L'intensité du signal d'hybridation est proportionnelle à la quantité de l'ADNc hybridé et donc de l’ARN")
15. Détail source à réviser : à la quantité de l'ADNc hybridé et donc de l’ARN messager. quantifications densitométriques  ratios d'expressionPopulation KO Quantification densitométrique des spots pour les 2 populations Détermination pour chaque gèn (Source: "à la quantité de l'ADNc hybridé et donc de l’ARN messager. quantifications densitométriques  ratios d'expressionPopulation KO Quantification densitométrique des spots pour les 2 populations Détermination pour chaque gène des taux relatifs d'expression Population normale extraction des ARNm RT + Cy3-dUTP "vert" ADNc cibles "rouge" extraction des ARNm")
16. Détail source à réviser : + Cy3-dUTP "vert" ADNc cibles "rouge" extraction des ARNm RT + Cy5-dUTP hybridations des cibles marquées sur la matrice de sondes scans de fluorescence pour Cy3 et pour Cy5 "colorisation" et superposition des 2 images 3 (Source: "+ Cy3-dUTP "vert" ADNc cibles "rouge" extraction des ARNm RT + Cy5-dUTP hybridations des cibles marquées sur la matrice de sondes scans de fluorescence pour Cy3 et pour Cy5 "colorisation" et superposition des 2 images 3 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Whole transcriptome : sonde(s) localisées dans un exon constitutif, souvent en 3’ Whole")
17. Détail source à réviser : localisées dans un exon constitutif, souvent en 3’ Whole exome : couverture par des sondes de tous les exons  incluant les transcrits alternatifs (connus) Problème des puces « 2 couleurs » Cy5 plus gros que Cy3  moins (Source: "localisées dans un exon constitutif, souvent en 3’ Whole exome : couverture par des sondes de tous les exons  incluant les transcrits alternatifs (connus) Problème des puces « 2 couleurs » Cy5 plus gros que Cy3  moins bonne incorporation, plus sensible à l’ozone, rendement de fluorescence plus faible que Cy3  Dye swap (Flip Flop)  Puces « une couleur")
18. Détail source à réviser : faible que Cy3  Dye swap (Flip Flop)  Puces « une couleur ». marquage Cy3 2 populations ou conditions = 2 puces différentes (nécessité d’une bonne reproductibilité) Exemple Affymetrix Chaque gène est représenté par 20 (Source: "faible que Cy3  Dye swap (Flip Flop)  Puces « une couleur ». marquage Cy3 2 populations ou conditions = 2 puces différentes (nécessité d’une bonne reproductibilité) Exemple Affymetrix Chaque gène est représenté par 20 sondes 25mers différentes le long de la séquence d’ARNm Perfect Match probe : sonde parfaitement complémentaire Mismatch probe : même")
19. Détail source à réviser : : sonde parfaitement complémentaire Mismatch probe : même sonde mais avec un mismatch au centre : doit pas rester hybridée lors du lavage Probe pair = la sonde Perfect Match + la sonde Mismatch Probe set : ensemble des 2 (Source: ": sonde parfaitement complémentaire Mismatch probe : même sonde mais avec un mismatch au centre : doit pas rester hybridée lors du lavage Probe pair = la sonde Perfect Match + la sonde Mismatch Probe set : ensemble des 20 paires Rem : puce pan-génomique humaine : 22000 gènes x 40 = 880 000 sondes … 4 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Variantes")
20. Détail source à réviser : … 4 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Variantes Marquage indirect : aminonallyl-dNTP incorporé en RT puis fixation covalente de Cy3 (ester) ou de Cy5 Marquage avec Amplification linéaire  ARNc (antisens) m (Source: "… 4 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Variantes Marquage indirect : aminonallyl-dNTP incorporé en RT puis fixation covalente de Cy3 (ester) ou de Cy5 Marquage avec Amplification linéaire  ARNc (antisens) marqué = cible 1 Reverse transcription 2-In Vitro Transcription et marquage Amplification linéaire ARN  RT avec oligodT-site promoteur ")
21. Détail source à réviser : linéaire ARN  RT avec oligodT-site promoteur  ADNc brin 1  RNase H, ADN polymérase  ADNc db  transcription avec incorporation  ARNc (antisens) marqué = cible. ou marquage à la biotine et révélation par streptavidin (Source: "linéaire ARN  RT avec oligodT-site promoteur  ADNc brin 1  RNase H, ADN polymérase  ADNc db  transcription avec incorporation  ARNc (antisens) marqué = cible. ou marquage à la biotine et révélation par streptavidine-fluorochrome Fragmentation avant hybridation 5 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Fabrication des puces")
22. Détail source à réviser : / ENCPB / RM – Microarrays Fabrication des puces Autrefois, synthèse puis dépôt sur le support par des robots « spoteurs » (arrayers)  fixation par chimie covalente. Surface préfoncionnalisée Bras espaceur Synthèse in s (Source: "/ ENCPB / RM – Microarrays Fabrication des puces Autrefois, synthèse puis dépôt sur le support par des robots « spoteurs » (arrayers)  fixation par chimie covalente. Surface préfoncionnalisée Bras espaceur Synthèse in situ Affymetrix Photolithographie, synthèse de 25mers Déprotection par les UVs des positions où une base doit être ajoutée Agilent")
23. Détail source à réviser : des positions où une base doit être ajoutée Agilent synthèse de 60mers par ajouts selon une technologie “jet d’encre” 6 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Une étude par puce : les étapes Dessin expérimental (Source: "des positions où une base doit être ajoutée Agilent synthèse de 60mers par ajouts selon une technologie “jet d’encre” 6 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Une étude par puce : les étapes Dessin expérimental  limiter les variabilités expérimentales et inter-échantillons schéma « en étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin")
24. Détail source à réviser : étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin (A) et de souris traitées par une drogue (B). Gènes exprimés de manière différentielle lors du traitement ? Il faut au moins 3 réplicats pour une interprétatio (Source: "étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin (A) et de souris traitées par une drogue (B). Gènes exprimés de manière différentielle lors du traitement ? Il faut au moins 3 réplicats pour une interprétation statistique des données. Option 1 3 x [ARN souris A versus souris B] Option 2 ARN souris A1 versus souris B1 ARN souris A2 versus souris")
25. Détail source à réviser : 2 ARN souris A1 versus souris B1 ARN souris A2 versus souris B2 ARN souris A3 versus souris B3 Préparation des échantillons Obtention des cellules étudiées Microdissection laser Isolement microfluidique de cellules uniqu (Source: "2 ARN souris A1 versus souris B1 ARN souris A2 versus souris B2 ARN souris A3 versus souris B3 Préparation des échantillons Obtention des cellules étudiées Microdissection laser Isolement microfluidique de cellules uniques Single Cell autoprep system Fluidigm  Évite l’hétérogénéité cellulaire des tissus  1 seul type cellulaire puisque 1 seule cellule ")
26. Détail source à réviser : tissus  1 seul type cellulaire puisque 1 seule cellule  Analyse avec très peu de matériel Extraction des ARN Contrôle de Qualité : Agilent analyser … (Pureté, quantité, intégrité) [ Phase expérimentale ] 7 LP de Génomi (Source: "tissus  1 seul type cellulaire puisque 1 seule cellule  Analyse avec très peu de matériel Extraction des ARN Contrôle de Qualité : Agilent analyser … (Pureté, quantité, intégrité) [ Phase expérimentale ] 7 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Analyse des données 1- Traitement d’image Centrage, tri des spots - Densitométrie = somme des")
27. Détail source à réviser : Centrage, tri des spots - Densitométrie = somme des intensités des pixels du spot - Élimination du bruit de fond. 2- Calcul et normalisation des ratios d'expression = correction des biais systématiques (qualité des ARN e (Source: "Centrage, tri des spots - Densitométrie = somme des intensités des pixels du spot - Élimination du bruit de fond. 2- Calcul et normalisation des ratios d'expression = correction des biais systématiques (qualité des ARN extraits, biais d'incorporation des fluorochromes Recentrage médian Hypothèse : pour la majorité des gènes, l’expression n’est pas")
28. Détail source à réviser : : pour la majorité des gènes, l’expression n’est pas modifiée et donc la médiane des intensités des signaux d’expression doit être identique dans les 2 conditions. Si ce n’est pas le cas, il y a un biais que l’on élimine (Source: ": pour la majorité des gènes, l’expression n’est pas modifiée et donc la médiane des intensités des signaux d’expression doit être identique dans les 2 conditions. Si ce n’est pas le cas, il y a un biais que l’on élimine en recalculant les valeurs pour obtenir une médiane identique. Median normalization of miRNA microarray data enabled identification of")
29. Détail source à réviser : of miRNA microarray data enabled identification of significantly differentially expressed miRNAs. Median signal intensities of miRNAs in serum after (AC) versus before chemotherapy (BC), before (A) and after median norma (Source: "of miRNA microarray data enabled identification of significantly differentially expressed miRNAs. Median signal intensities of miRNAs in serum after (AC) versus before chemotherapy (BC), before (A) and after median normalization (B). White dots represent significantly differentially expressed microRNAs after normalization. Data points on the x-axis")
30. Détail source à réviser : microRNAs after normalization. Data points on the x-axis represent 163 miRNAs that are exclusively detected in BC serum. kidney cancer versus normal kidney 8704 spots dual channel red line : median normalization Blue lin (Source: "microRNAs after normalization. Data points on the x-axis represent 163 miRNAs that are exclusively detected in BC serum. kidney cancer versus normal kidney 8704 spots dual channel red line : median normalization Blue lines : two-fold change Confirmation des ratios d’expression par RT-qPCR 3- Calculs statistiques Tests statistiques pour évaluer la")
31. Détail source à réviser : Calculs statistiques Tests statistiques pour évaluer la significativité des différences de ratios d’expression. 8 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering » = regroupement des gènes avec une même m (Source: "Calculs statistiques Tests statistiques pour évaluer la significativité des différences de ratios d’expression. 8 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering » = regroupement des gènes avec une même modification du taux d'expression, co-régulés « Heat map » de classification hiérachique de 922 gènes dont l’expression est modifiée durant")
32. Détail source à réviser : de 922 gènes dont l’expression est modifiée durant les 6 stades de la maladie d’Alzheimer (Étude ICM) Ces gènes peuvent être divisés en 2 grande catégories : profil Down-Up : sous-expression dans les stades précoces puis (Source: "de 922 gènes dont l’expression est modifiée durant les 6 stades de la maladie d’Alzheimer (Étude ICM) Ces gènes peuvent être divisés en 2 grande catégories : profil Down-Up : sous-expression dans les stades précoces puis surexpression dans les satdes tardifs de la maladie profil Up-Down : inverse. 5- Data mining, exploration de données recherche")
33. Détail source à réviser : : inverse. 5- Data mining, exploration de données recherche dans les banques de données génomiques Voies métaboliques impliquées ? Fonctions biologiques concernées ? Recherches bibliographiques. Le cluster Up-Down n°6 re (Source: ": inverse. 5- Data mining, exploration de données recherche dans les banques de données génomiques Voies métaboliques impliquées ? Fonctions biologiques concernées ? Recherches bibliographiques. Le cluster Up-Down n°6 regroupe des gènes impliqués dans l’activité synaptique et la plasticité neuronale. 9 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays")
34. Détail source à réviser : 9 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Exemples de puces • Puces « dédiées »  étude de l’expression d’un ensemble de gènes significatifs Puce « 2 couleurs » « neurotransmission » 280 gènes impliqués dans la n (Source: "9 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Exemples de puces • Puces « dédiées »  étude de l’expression d’un ensemble de gènes significatifs Puce « 2 couleurs » « neurotransmission » 280 gènes impliqués dans la neuro transmission – 2 à 3 oligonucléotides par gène Puce « dédiée » pour la classification de tumeurs à partir d’un profil d’expression")
35. Détail source à réviser : classification de tumeurs à partir d’un profil d’expression : gènes choisis pour leur expression différentielle. • Puces pan-génomiques commerciales  études « transcriptome » = analyses préliminaires pour délimiter un g (Source: "classification de tumeurs à partir d’un profil d’expression : gènes choisis pour leur expression différentielle. • Puces pan-génomiques commerciales  études « transcriptome » = analyses préliminaires pour délimiter un groupe de gènes sur lesquels les études porteront par la suite. Agilent Whole Mouse Genome Microarray, 4x44K SurePrint G3 Human Gene")
36. Détail source à réviser : Mouse Genome Microarray, 4x44K SurePrint G3 Human Gene Expression v3 8x60K Microarray SurePrint G3 Exon Microarray slides each formatted with eight high-definition 60K arrays 26,083 Entrez Genes (unique) 30,606 lncRNA (u (Source: "Mouse Genome Microarray, 4x44K SurePrint G3 Human Gene Expression v3 8x60K Microarray SurePrint G3 Exon Microarray slides each formatted with eight high-definition 60K arrays 26,083 Entrez Genes (unique) 30,606 lncRNA (unique) 96 ERCC control probes 10 E1A control probes Manufacturing Agilent 60-mer SurePrint technology Affymetrix GeneChip™ Human Gene 2.0")
37. Détail source à réviser : SurePrint technology Affymetrix GeneChip™ Human Gene 2.0 ST Array • >30,000 coding transcripts • >11,000 long intergenic non-coding transcripts • Measure alternative splicing events/transcript variants with probes design (Source: "SurePrint technology Affymetrix GeneChip™ Human Gene 2.0 ST Array • >30,000 coding transcripts • >11,000 long intergenic non-coding transcripts • Measure alternative splicing events/transcript variants with probes designed to maximize exon coverage Illumina Arrêt des puces transcriptome « Bead array » ultrahaute densité. cf puces génomiques pour la")
38. Détail source à réviser : array » ultrahaute densité. cf puces génomiques pour la technologie. 10 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays MiR microarrays Agilent miRNA microarray probe design Sonde avec ajout d’un G et d’une “hairpin” en (Source: "array » ultrahaute densité. cf puces génomiques pour la technologie. 10 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays MiR microarrays Agilent miRNA microarray probe design Sonde avec ajout d’un G et d’une “hairpin” en 5’ de la partie hybridante. Marquage du miR par addition de ddCTP-Cy3.  hybridation spécifique du miR mais pas de l’ARN précurseur plus")
39. Détail source à réviser : spécifique du miR mais pas de l’ARN précurseur plus long. Rem : RT-qPCR Taqman Schematic description of TaqMan miRNA assays La boucle de l’amorce de RT permet d’allonger la séquence pour pouvoir placer la sonde Taqman lo (Source: "spécifique du miR mais pas de l’ARN précurseur plus long. Rem : RT-qPCR Taqman Schematic description of TaqMan miRNA assays La boucle de l’amorce de RT permet d’allonger la séquence pour pouvoir placer la sonde Taqman lors de la qPCR. 11 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 2- Puces génomiques Cible = ADN génomique Marquage par")
40. Détail source à réviser : Puces génomiques Cible = ADN génomique Marquage par incorporation : par nick-translation ou random priming (amplification linéaire). Applications  Génotypage : recherche de SNV (Single Nucleotide Variant) qui sont des S (Source: "Puces génomiques Cible = ADN génomique Marquage par incorporation : par nick-translation ou random priming (amplification linéaire). Applications  Génotypage : recherche de SNV (Single Nucleotide Variant) qui sont des SNP (Single Nucleotide Polymorphism) ou des mutations ponctuelles.  CGH array : Comparative genomic hybridization = Hybridation Génomique")
41. Détail source à réviser : : Comparative genomic hybridization = Hybridation Génomique Comparative :  détection d'anomalies génomiques quantitatives : délétions, amplifications pathologiques (ex trisomie), homo ou hétérozygotes.  CNV : Copy Numb (Source: ": Comparative genomic hybridization = Hybridation Génomique Comparative :  détection d'anomalies génomiques quantitatives : délétions, amplifications pathologiques (ex trisomie), homo ou hétérozygotes.  CNV : Copy Number Variation ou CNA (Copy Number Alteration)  LOH (Loss Of Heterozygosity : perte d’hétérozygotie d'une cellule, représente la perte de")
42. Détail source à réviser : d’hétérozygotie d'une cellule, représente la perte de matériel génétique provenant d'un des deux parents. = technique de cytogénétique sur puces Les puces permettent la détection des micro-délétions ou des amplifications (Source: "d’hétérozygotie d'une cellule, représente la perte de matériel génétique provenant d'un des deux parents. = technique de cytogénétique sur puces Les puces permettent la détection des micro-délétions ou des amplifications au niveau de chaque position de l'ADN. Principe du CGH-array Situation normale ratio nb copies = 2/2 = 1 log2(ratio) = 0 Délétion")
43. Détail source à réviser : Chromatine Immuno Précipitation MeDIP-chip Methylated-DNA immunoprecipitation  DNA methylation mapping and measurement across the genome. methylome It consists of isolating methylated DNA fragments via an antibody raise (Source: "Chromatine Immuno Précipitation MeDIP-chip Methylated-DNA immunoprecipitation  DNA methylation mapping and measurement across the genome. methylome It consists of isolating methylated DNA fragments via an antibody raised against 5-methylcytosine (5mC). DNase-chip  to identify hypersensitive sites, segments of open chromatin that are more readily cleaved")
44. Détail source à réviser : segments of open chromatin that are more readily cleaved by DNaseI. DNaseI cleaving produces larger fragments of around 1.2kb in size. These hypersensitive sites have been shown to accurately predict regulatory elements (Source: "segments of open chromatin that are more readily cleaved by DNaseI. DNaseI cleaving produces larger fragments of around 1.2kb in size. These hypersensitive sites have been shown to accurately predict regulatory elements such as promoter regions, enhancers and silencers. Puces de génotypage SNP Illumina « BeadChip » technology à ultra haute densité.")
45. Détail source à réviser : Illumina « BeadChip » technology à ultra haute densité. Whole Genome Genotyping (WGG) 600,000 SNPs Distribution au hasard du pool de microbilles dans des micro-puits, une bille par puits. Décodage = localisation des posi (Source: "Illumina « BeadChip » technology à ultra haute densité. Whole Genome Genotyping (WGG) 600,000 SNPs Distribution au hasard du pool de microbilles dans des micro-puits, une bille par puits. Décodage = localisation des positions des billes portant une séquence spécifique, grâce à la séquence d’adressage, selon une procédure. Après hybridation du fragment")
46. Détail source à réviser : selon une procédure. Après hybridation du fragment d’ADNg sondé, « single-base extension » avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents, biotine et DNP. « 2 colors / haptens » : chaque haptène est reconnu par des (Source: "selon une procédure. Après hybridation du fragment d’ADNg sondé, « single-base extension » avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents, biotine et DNP. « 2 colors / haptens » : chaque haptène est reconnu par des protéines (streptavidine, anticorps) marquées par des fluorochromes différents Cy3 et Cy5  amplification du signal. Puces aussi")
47. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Microarrays puces à ADN DNA chips DNA arrays matrices d'ADN Concepts de base = multi dot blot inverse = matrice d'unités d'hybridation sur un support une sonde par unité d'hybridation supp (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays Microarrays puces à ADN DNA chips DNA arrays matrices d'ADN Concepts de base = multi dot blot inverse = matrice d'unités d'hybridation sur un support une sonde par unité d'hybridation support⎯ADN sonde  acide nucléique cible, à analyser, marquée ADN sonde = Produit de PC")
48. Détail source à réviser : 1995 Première publication de microarray Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray (Source: "1995 Première publication de microarray Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray")
49. Détail source à réviser : O. Brown (Standford) 2007 Début des NGS 2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic (Source: "O. Brown (Standford) 2007 Début des NGS 2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale")
50. Détail source à réviser : tiplié par 4 le taux d'expression de 203 gènes est divisé par 4 Parmi ces gènes, 400 sont « inconnus », sans homologie avec gènes connus. Exemple de puce artisanale Membrane-array method for the detection of human intest (Source: "tiplié par 4 le taux d'expression de 203 gènes est divisé par 4 Parmi ces gènes, 400 sont « inconnus », sans homologie avec gènes connus. Exemple de puce artisanale Membrane-array method for the detection of human intestinal bacteria  Sondes fixées sur la membr")
51. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 1- Puces transcriptomiques Génome humain : 22000 gènes environ 15000 gènes exprimés dans un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage" (housekeeping genes) et 5000 spécifiques du ti (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays 1- Puces transcriptomiques Génome humain : 22000 gènes environ 15000 gènes exprimés dans un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage" (housekeeping genes) et 5000 spécifiques du tissu et du stade de développement Exome = 2% du génome humain ARNm : 2 à 5% des ARN t")
52. Détail source à réviser : une seule expérience.  vision globale, préalable à étude approfondie  sonde = séquence "signature" d'un gène fixation covalente sur un support (en général via un bras espaceur bras espaceur) = oligomère court (20-30 nt (Source: "une seule expérience.  vision globale, préalable à étude approfondie  sonde = séquence "signature" d'un gène fixation covalente sur un support (en général via un bras espaceur bras espaceur) = oligomère court (20-30 nt) ou oligomère long (50-70 nt)  cible =")
53. Détail source à réviser : = ARN messager rétrotranscrit en ADNc et marqué par fluorescence Premières puces = puces « 2 couleurs » ou bi-canaux  2 fluorochromes différents, en général Cy3 et Cy5 (dérivés de la cyanine). Longueurs d’onde d’excitat (Source: "= ARN messager rétrotranscrit en ADNc et marqué par fluorescence Premières puces = puces « 2 couleurs » ou bi-canaux  2 fluorochromes différents, en général Cy3 et Cy5 (dérivés de la cyanine). Longueurs d’onde d’excitation et d’émission différentes)  Marquage d")
54. Détail source à réviser : 'expression Population normale extraction des ARNm RT + Cy3-dUTP "vert" ADNc cibles "rouge" extraction des ARNm RT + Cy5-dUTP hybridations des cibles marquées sur la matrice de sondes scans de fluorescence pour Cy3 et po (Source: "'expression Population normale extraction des ARNm RT + Cy3-dUTP "vert" ADNc cibles "rouge" extraction des ARNm RT + Cy5-dUTP hybridations des cibles marquées sur la matrice de sondes scans de fluorescence pour Cy3 et pour Cy5 "colorisation" et superposition des 2 images 3 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Whole transcriptome : sonde(s) loca...")
55. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Whole transcriptome : sonde(s) localisées dans un exon constitutif, souvent en 3’ Whole exome : couverture par des sondes de tous les exons  incluant les transcrits alternatifs (connus) P (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays Whole transcriptome : sonde(s) localisées dans un exon constitutif, souvent en 3’ Whole exome : couverture par des sondes de tous les exons  incluant les transcrits alternatifs (connus) Problème des puces « 2 couleurs » Cy5 plus gros que Cy3  moins bonne incorporation,")
56. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Variantes Marquage indirect : aminonallyl-dNTP incorporé en RT puis fixation covalente de Cy3 (ester) ou de Cy5 Marquage avec Amplification linéaire  ARNc (antisens) marqué = cible 1 Reve (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays Variantes Marquage indirect : aminonallyl-dNTP incorporé en RT puis fixation covalente de Cy3 (ester) ou de Cy5 Marquage avec Amplification linéaire  ARNc (antisens) marqué = cible 1 Reverse transcription 2-In Vitro Transcription et marquage Amplification linéaire ARN ")
57. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Fabrication des puces Autrefois, synthèse puis dépôt sur le support par des robots « spoteurs » (arrayers)  fixation par chimie covalente (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays Fabrication des puces Autrefois, synthèse puis dépôt sur le support par des robots « spoteurs » (arrayers)  fixation par chimie covalente")
58. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Une étude par puce : les étapes Dessin expérimental  limiter les variabilités expérimentales et inter-échantillons schéma « en étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays Une étude par puce : les étapes Dessin expérimental  limiter les variabilités expérimentales et inter-échantillons schéma « en étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin (A) et de souris traitées par une drogue (B)")
59. Détail source à réviser : Gènes exprimés de manière différentielle lors du traitement ? Il faut au moins 3 réplicats pour une interprétation statistique des données. Option 1 3 x [ARN souris A versus souris B] Option 2 ARN souris A1 versus souris (Source: "Gènes exprimés de manière différentielle lors du traitement ? Il faut au moins 3 réplicats pour une interprétation statistique des données. Option 1 3 x [ARN souris A versus souris B] Option 2 ARN souris A1 versus souris B1 ARN souris A2 versus souris B2 ARN souris A3 versus sour")
60. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Analyse des données 1- Traitement d’image Centrage, tri des spots - Densitométrie = somme des intensités des pixels du spot - Élimination du bruit de fond (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays Analyse des données 1- Traitement d’image Centrage, tri des spots - Densitométrie = somme des intensités des pixels du spot - Élimination du bruit de fond")
61. Détail source à réviser : Data points on the x-axis represent 163 miRNAs that are exclusively detected in BC serum (Source: "Data points on the x-axis represent 163 miRNAs that are exclusively detected in BC serum")
62. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering » = regroupement des gènes avec une même modification du taux d'expression, co-régulés « Heat map » de classification hiérachique de 922 gènes dont l’expression est modifié (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering » = regroupement des gènes avec une même modification du taux d'expression, co-régulés « Heat map » de classification hiérachique de 922 gènes dont l’expression est modifiée durant les 6 stades de la maladie d’Alzheimer (Étude ICM) Ces gènes peuvent être d")
63. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Exemples de puces (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays Exemples de puces")
64. Détail source à réviser : ces • Puces « dédiées »  étude de l’expression d’un ensemble de gènes significatifs Puce « 2 couleurs » « neurotransmission » 280 gènes impliqués dans la neuro transmission – 2 à 3 oligonucléotides par gène Puce « dédié (Source: "ces • Puces « dédiées »  étude de l’expression d’un ensemble de gènes significatifs Puce « 2 couleurs » « neurotransmission » 280 gènes impliqués dans la neuro transmission – 2 à 3 oligonucléotides par gène Puce « dédiée » pour la classification de tumeurs à part")
65. Détail source à réviser : nts with probes designed to maximize exon coverage Illumina Arrêt des puces transcriptome « Bead array » ultrahaute densité. cf puces génomiques pour la technologie. 10 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays MiR (Source: "nts with probes designed to maximize exon coverage Illumina Arrêt des puces transcriptome « Bead array » ultrahaute densité. cf puces génomiques pour la technologie. 10 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays MiR microarrays Agilent miRNA microarray probe")
66. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 2- Puces génomiques Cible = ADN génomique Marquage par incorporation : par nick-translation ou random priming (amplification linéaire) (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays 2- Puces génomiques Cible = ADN génomique Marquage par incorporation : par nick-translation ou random priming (amplification linéaire)")
67. Détail source à réviser :  CGH array : Comparative genomic hybridization = Hybridation Génomique Comparative :  détection d'anomalies génomiques quantitatives : délétions, amplifications pathologiques (ex trisomie), homo ou hétérozygotes (Source: " CGH array : Comparative genomic hybridization = Hybridation Génomique Comparative :  détection d'anomalies génomiques quantitatives : délétions, amplifications pathologiques (ex trisomie), homo ou hétérozygotes")
68. Détail source à réviser : = technique de cytogénétique sur puces Les puces permettent la détection des micro-délétions ou des amplifications au niveau de chaque position de l'ADN (Source: "= technique de cytogénétique sur puces Les puces permettent la détection des micro-délétions ou des amplifications au niveau de chaque position de l'ADN")
69. Détail source à réviser : ments such as promoter regions, enhancers and silencers. Puces de génotypage SNP Illumina « BeadChip » technology à ultra haute densité. Whole Genome Genotyping (WGG) 600,000 SNPs Distribution au hasard du pool de microb (Source: "ments such as promoter regions, enhancers and silencers. Puces de génotypage SNP Illumina « BeadChip » technology à ultra haute densité. Whole Genome Genotyping (WGG) 600,000 SNPs Distribution au hasard du pool de microbilles dans des micro-puits, une bille par")
70. Détail source à réviser : la séquence d’adressage, selon une procédure. Après hybridation du fragment d’ADNg sondé, « single-base extension » avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents, biotine et DNP. « 2 colors / haptens » : chaque hap (Source: "la séquence d’adressage, selon une procédure. Après hybridation du fragment d’ADNg sondé, « single-base extension » avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents, biotine et DNP. « 2 colors / haptens » : chaque haptène est reconnu par des protéines (streptavidine, anti")
71. Détail source à réviser : 2007 Début des NGS 2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic control of gene expre (Source: "2007 Début des NGS 2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale")
72. Détail source à réviser : 2026 / ENCPB / RM – Microarrays MiR microarrays Agilent miRNA microarray probe design Sonde avec ajout d’un G et d’une “hairpin” en 5’ de la partie hybridante (Source: "2026 / ENCPB / RM – Microarrays MiR microarrays Agilent miRNA microarray probe design Sonde avec ajout d’un G et d’une “hairpin” en 5’ de la partie hybridante")
73. Détail source à réviser : Fonctions biologiques concernées ? Recherches bibliographiques. Le cluster Up-Down n°6 regroupe des gènes impliqués dans l’activité synaptique et la plasticité neuronale. 9 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays (Source: "Fonctions biologiques concernées ? Recherches bibliographiques. Le cluster Up-Down n°6 regroupe des gènes impliqués dans l’activité synaptique et la plasticité neuronale. 9 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Exemples de puces • Puces « dédiées »  étude de l’expressi")
74. Détail source à réviser : 11 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 2- Puces génomiques Cible = ADN génomique Marquage par incorporation : par nick-translation ou random priming (amplification linéaire) (Source: "11 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 2- Puces génomiques Cible = ADN génomique Marquage par incorporation : par nick-translation ou random priming (amplification linéaire)")
75. Détail source à réviser : Brown (Standford) 2007 Début des NGS 2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic con (Source: "Brown (Standford) 2007 Début des NGS 2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale")
76. Détail source à réviser : essin expérimental  limiter les variabilités expérimentales et inter-échantillons schéma « en étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin (A) et de souris traitées par une drogue (B). Gènes exprimés de (Source: "essin expérimental  limiter les variabilités expérimentales et inter-échantillons schéma « en étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin (A) et de souris traitées par une drogue (B). Gènes exprimés de manière différentielle lors du traitement ?")
77. Détail source à réviser : tal  limiter les variabilités expérimentales et inter-échantillons schéma « en étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin (A) et de souris traitées par une drogue (B). Gènes exprimés de manière différe (Source: "tal  limiter les variabilités expérimentales et inter-échantillons schéma « en étoiles » « en boucle » Exemple Comparaison de souris témoin (A) et de souris traitées par une drogue (B). Gènes exprimés de manière différentielle lors du traitement ? Il faut au moi")
78. Détail source à réviser : 2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic (Source: "2013 Début du Single Cell sequencing (genome et transcriptome) Expérience historique : le "metabolic diauxic shift" de Saccharomyces cerevisiae Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale. DeRisi JL1, Iyer VR, Brown PO. 6400 gènes Réalis")
79. Détail source à réviser : où une base doit être ajoutée Agilent synthèse de 60mers par ajouts selon une technologie “jet d’encre” 6 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Une étude par puce : les étapes Dessin expérimental  limiter les (Source: "où une base doit être ajoutée Agilent synthèse de 60mers par ajouts selon une technologie “jet d’encre” 6 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Une étude par puce : les étapes Dessin expérimental  limiter les variabilités expérimentales et inter-échant")
80. Détail source à réviser : différences de ratios d’expression. 8 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering » = regroupement des gènes avec une même modification du taux d'expression, co-régulés « Heat map » de classification (Source: "différences de ratios d’expression. 8 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering » = regroupement des gènes avec une même modification du taux d'expression, co-régulés « Heat map » de classification hiérachique de 922 gènes dont l’expression")
81. Détail source à réviser : té neuronale. 9 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Exemples de puces • Puces « dédiées »  étude de l’expression d’un ensemble de gènes significatifs Puce « 2 couleurs » « neurotransmission » 280 gènes impli (Source: "té neuronale. 9 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Exemples de puces • Puces « dédiées »  étude de l’expression d’un ensemble de gènes significatifs Puce « 2 couleurs » « neurotransmission » 280 gènes impliqués dans la neuro transmission – 2 à 3 o")
82. Détail source à réviser : 10 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays MiR microarrays Agilent miRNA microarray probe design Sonde avec ajout d’un G et d’une “hairpin” en 5’ de la partie hybridante (Source: "10 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays MiR microarrays Agilent miRNA microarray probe design Sonde avec ajout d’un G et d’une “hairpin” en 5’ de la partie hybridante")
83. Détail source à réviser : « 2 colors / haptens » : chaque haptène est reconnu par des protéines (streptavidine, anticorps) marquées par des fluorochromes différents Cy3 et Cy5  amplification du signal (Source: "« 2 colors / haptens » : chaque haptène est reconnu par des protéines (streptavidine, anticorps) marquées par des fluorochromes différents Cy3 et Cy5  amplification du signal")
84. Détail source à réviser : gle-base extension » avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents, biotine et DNP. « 2 colors / haptens » : chaque haptène est reconnu par des protéines (streptavidine, anticorps) marquées par des fluorochromes di (Source: "gle-base extension » avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents, biotine et DNP. « 2 colors / haptens » : chaque haptène est reconnu par des protéines (streptavidine, anticorps) marquées par des fluorochromes différents Cy3 et Cy5  amplification du signal. Puces")
85. Détail source à réviser : 5000 spécifiques du tissu et du stade de développement Exome = 2% du génome humain ARNm : 2 à 5% des ARN totaux Transcriptomique  Où, quand un gène est exprimé ? Quantifier cette expression. Modifications ? Le changemen (Source: "5000 spécifiques du tissu et du stade de développement Exome = 2% du génome humain ARNm : 2 à 5% des ARN totaux Transcriptomique  Où, quand un gène est exprimé ? Quantifier cette expression. Modifications ? Le changement d’échelle : étude de l’expression de tous les gènes en une")
86. Détail source à réviser : 5- Data mining, exploration de données recherche dans les banques de données génomiques Voies métaboliques impliquées ? Fonctions biologiques concernées ? Recherches bibliographiques. Le cluster Up-Down n°6 regroupe des (Source: "5- Data mining, exploration de données recherche dans les banques de données génomiques Voies métaboliques impliquées ? Fonctions biologiques concernées ? Recherches bibliographiques. Le cluster Up-Down n°6 regroupe des gènes impliqués dans l’activité synaptique et la plasticité")
87. Détail source à réviser : Whole Genome Genotyping (WGG) 600,000 SNPs Distribution au hasard du pool de microbilles dans des micro-puits, une bille par puits (Source: "Whole Genome Genotyping (WGG) 600,000 SNPs Distribution au hasard du pool de microbilles dans des micro-puits, une bille par puits")
88. Détail source à réviser : 1 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Microarrays puces à ADN DNA chips DNA arrays matrices d'ADN Concepts de base = multi dot blot inverse = matrice d'unités d'hybridation sur un support une sonde par unité (Source: "1 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Microarrays puces à ADN DNA chips DNA arrays matrices d'ADN Concepts de base = multi dot blot inverse = matrice d'unités d'hybridation sur un support une sonde par unité d'hybridation support⎯ADN sonde  acide nucl")
89. Détail source à réviser : 2 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 1- Puces transcriptomiques Génome humain : 22000 gènes environ 15000 gènes exprimés dans un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage" (housekeeping genes) et 5000 (Source: "2 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 1- Puces transcriptomiques Génome humain : 22000 gènes environ 15000 gènes exprimés dans un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage" (housekeeping genes) et 5000 spécifiques du tissu et du stade de dévelop")
90. Détail source à réviser : ou marquage à la biotine et révélation par streptavidine-fluorochrome Fragmentation avant hybridation 5 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Fabrication des puces Autrefois, synthèse puis dépôt sur le support (Source: "ou marquage à la biotine et révélation par streptavidine-fluorochrome Fragmentation avant hybridation 5 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Fabrication des puces Autrefois, synthèse puis dépôt sur le support par des robots « spoteurs » (arrayers)  fixation par chimie covalente")
91. Détail source à réviser : Surface préfoncionnalisée Bras espaceur Synthèse in situ Affymetrix Photolithographie, synthèse de 25mers Déprotection par les UVs des positions où une base doit être ajoutée Agilent synthèse de 60mers par ajouts selon u (Source: "Surface préfoncionnalisée Bras espaceur Synthèse in situ Affymetrix Photolithographie, synthèse de 25mers Déprotection par les UVs des positions où une base doit être ajoutée Agilent synthèse de 60mers par ajouts selon une technologie “jet d’encre” 6 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays Une étude par puce : les étapes Dessin expérimental  limi...")
92. Détail source à réviser : 8 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering » = regroupement des gènes avec une même modification du taux d'expression, co-régulés « Heat map » de classification hiérachique de 922 gènes dont l’expr (Source: "8 LP de Génomique 2026 / ENCPB / RM – Microarrays 4- « Clustering » = regroupement des gènes avec une même modification du taux d'expression, co-régulés « Heat map » de classification hiérachique de 922 gènes dont l’expression est modifiée durant les 6 stades de l")
93. Détail source à réviser :  CNV : Copy Number Variation ou CNA (Copy Number Alteration)  LOH (Loss Of Heterozygosity : perte d’hétérozygotie d'une cellule, représente la perte de matériel génétique provenant d'un des deux parents (Source: " CNV : Copy Number Variation ou CNA (Copy Number Alteration)  LOH (Loss Of Heterozygosity : perte d’hétérozygotie d'une cellule, représente la perte de matériel génétique provenant d'un des deux parents")
94. Détail source à réviser : Décodage = localisation des positions des billes portant une séquence spécifique, grâce à la séquence d’adressage, selon une procédure (Source: "Décodage = localisation des positions des billes portant une séquence spécifique, grâce à la séquence d’adressage, selon une procédure")
95. Détail source à réviser : Après hybridation du fragment d’ADNg sondé, « single-base extension » avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents, biotine et DNP (Source: "Après hybridation du fragment d’ADNg sondé, « single-base extension » avec des ddNTPs marqués par des haptènes différents, biotine et DNP")
96. Détail source à réviser : humain : 22000 gènes environ 15000 gènes exprimés dans un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage" (housekeeping genes) et 5000 spécifiques du tissu et du stade de développement Exome = 2% du génome humain ARNm (Source: "humain : 22000 gènes environ 15000 gènes exprimés dans un tissu dont 10000 constitutifs = "gènes de ménage" (housekeeping genes) et 5000 spécifiques du tissu et du stade de développement Exome = 2% du génome humain ARNm : 2 à 5% des ARN totaux Transcriptomique  Où,")

📅 Repères chronologiques

Date	Événement
2026	Génomique microarrays
1030	Support de microarray
1995	Début des techniques de marquage
2007	Normalisation des données
2013	Applications spécifiques

📊 Tableaux de Synthèse

Comparaison des types de microarrays

Type	Support	Sondes	Application
DNA chip	Membrane, silicium	PCR, synthèse in situ	Génomique, transcriptomique
BeadChip	Sphères de verre	Synthèse in situ, oligos synthétisés	Génotypage, méthylation

⚠️ Pièges & Confusions Fréquentes

1. Confusion entre microarray d'ADN et d'ARN
2. Erreur dans la compréhension des types de sondes (Perfect Match vs Mismatch)
3. Mauvaise interprétation des supports (membrane vs silicium)
4. Confusion entre normalisation et traitement des données
5. Erreur dans la distinction entre CGH-array et autres techniques

✅ Checklist Examen

1. Comprendre la structure des microarrays et types de sondes
2. Maîtriser les applications en transcriptomique et génomique
3. Connaître les techniques de marquage et détection
4. Savoir concevoir et fabriquer une puce à ADN
5. Maîtriser les stratégies expérimentales et préparation des échantillons
6. Savoir traiter et normaliser les données d'expression
7. Comprendre l'analyse statistique et le clustering
8. Connaître les applications spécifiques et techniques complémentaires