Introduction aux méthodes phylogénétiques

📋 Plan du Cours

1. Matrice de divergence entre les séquences
2. Alignement multiple des séquences
3. Matrice des alignements par paires
4. Arbre des distances
5. Alignement progressif de la paire la plus similaire à la plus éloignée
6. Méthode UPGMA de Sokal et Michener
7. Méthode du Neighbour Joining (NJ) de Saitou et Nei
8. Méthode du maximum de parcimonie
9. Méthode bayésienne de Delsuc et Douzery
10. Phase ascendante dans la reconstruction d'arbre
11. Reconstruction d'arbres pour chaque copie modifiée
12. Attribution des scores de confiance aux branches d'arbre

📖 1. Matrice de divergence entre les séquences

🔑 Notions clés & Définitions

• Phénotype : Est tout caractère ou trait observable dʼun organisme.
• Khamessi Oussema : Enseignant-chercheur en bioinformatique fonctionnelle à l'Université de Manouba, spécialisé en génomique comparative, phylogénie et évolution moléculaires.

📝 Points essentiels

• La matrice de divergence mesure la proportion de sites différents entre deux séquences, appelée p-distance.
• Les transitions sont des substitutions entre bases de même type (purine ↔ purine ou pyrimidine ↔ pyrimidine) et sont généralement plus fréquentes que les transversions.
• Les transversions sont des substitutions entre bases de types différents (purine ↔ pyrimidine).

💡 À retenir