UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) : méthode de regroupement hiérarchique utilisée en phylogénie moléculaire pour construire un arbre à partir d’une matrice de distances génétiques. Selon Sokal et Michener (1958), cette méthode consiste à regrouper les deux taxons ou groupes les plus proches en calculant leur distance moyenne avec les autres taxons, afin de représenter leur relation évolutive dans un arbre. Elle est dite « non pondérée » car chaque taxon ou groupe a le même poids lors du calcul des distances moyennes.
Matrice de distances génétiques : tableau numérique représentant les distances ou différences entre chaque paire de séquences ou taxons. Elle est construite à partir de mesures de dissimilarité, telles que la différence de séquences ou d’autres caractères moléculaires. La matrice sert de base pour appliquer la méthode UPGMA en déterminant quels taxons ou groupes doivent être fusionnés à chaque étape.
1. En quoi la méthode UPGMA diffère-t-elle d'une méthode probabiliste en phylogénie moléculaire ?
2. En quelle année la méthode UPGMA a-t-elle été publiée par Sokal et Michener ?
3. Qui a formulé la méthode UPGMA en phylogénie moléculaire ?
UPGMA — définition ?
Méthode hiérarchique de regroupement en phylogénie.
Distances génétiques — rôle ?
Quantifier la divergence entre séquences moléculaires.
Phylogénie moléculaire — principe ?
Comparer séquences pour reconstruire l’histoire évolutive.
Classification phylogénétique — objectif ?
Organiser selon relations de parenté réelles.
Groupe monophylétique — composition ?
Ancêtre commun + tous ses descendants.
Groupe paraphylétique — différence ?
Inclut un ancêtre mais pas tous ses descendants.
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